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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jb0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Photosystem I: a Photosynthetic Reaction Center and Core Antenna System from Cyanobacteria | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MULTIPROTEIN-PIGMENT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 チラコイド / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...チラコイド / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / magnesium ion binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Synechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Jordan, P. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Klukas, O. / Saenger, W. / Krauss, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: NATURE / 年: 2001 タイトル: Three-dimensional Structure of Cyanobacterial Photosystem I at 2.5 A Resolution 著者: Jordan, P. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Klukas, O. / Saenger, W. / Krauss, N. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: PHOTOSYSTEM I, AN IMPROVED MODEL OF THE STROMAL SUBUNITS PSAC, PSAD AND PSAE 著者: Klukas, O. / Schubert, W.D. / Jordan, P. / Krauss, N. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Saenger, W. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: LOCALISATION OF TWO PHYLLOQUINONES, QK AND QK', IN AN IMPROVED ELECTRON DENSITY MAP OF PHOTOSYSTEM I AT 4-A RESOLUTION 著者: Klukas, O. / Schubert, W.D. / Jordan, P. / Krau, N. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Saenger, W. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: PHOTOSYSTEM I OF SYNECHOCOCCUS ELONGATUS AT 4 A RESOLUTION: COMPREHENSIVE STRUCTURE ANALYSIS 著者: Schubert, W.D. / Klukas, O. / Krauss, N. / Saenger, W. / Fromme, P. / Witt, H.T. #4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: PHOTOSYSTEM I AT 4 A RESOLUTION REPRESENTS THE FIRST STRUCTURAL MODEL OF A JOINT PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTRE AND CORE ANTENNA SYSTEM 著者: Krauss, N. / Schubert, W.D. / Klukas, O. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jb0.cif.gz | 617.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jb0.ent.gz | 549.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jb0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/1jb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/1jb0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-PHOTOSYSTEM I ... , 4種, 4分子 ABCX
#1: タンパク質 | 分子量: 83267.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25896, UniProt: P0A405*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82992.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25897, UniProt: P0A407*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 8678.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P18083, UniProt: P0A415*PLUS |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3845.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8DKP6*PLUS |
-PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT ... , 8種, 8分子 DEFIJKLM
#4: タンパク質 | 分子量: 15258.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P20452, UniProt: P0A420*PLUS |
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#5: タンパク質 | 分子量: 8268.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25898, UniProt: P0A423*PLUS |
#6: タンパク質 | 分子量: 17716.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25899, UniProt: P0A401*PLUS |
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25900, UniProt: P0A427*PLUS |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4770.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25901, UniProt: P0A429*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 8483.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P20453, UniProt: P0A425*PLUS |
#10: タンパク質 | 分子量: 16156.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25902, UniProt: Q8DGB4*PLUS |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3426.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25903, UniProt: P0A403*PLUS |
-非ポリマー , 8種, 329分子
#13: 化合物 | ChemComp-CLA / #14: 化合物 | #15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-BCR / #17: 化合物 | #18: 化合物 | ChemComp-LMG / | #19: 化合物 | ChemComp-CA / | #20: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.2 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 6.4 詳細: beta-dodecylmaltoside, magnesium sulfate, pH 6.4, MICRODIALYSIS, temperature 277K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method詳細: Fromme, P., (1998) Biochim. Biophys. Acta, 1365, 175. | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 246961 / Num. obs: 246961 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 14 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 22495 / % possible all: 88.9 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BULK SOLVENT CORRECTION HAS BEEN APPLIED IN CNS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.296 |