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- PDB-1j5s: Crystal structure of uronate isomerase (TM0064) from Thermotoga m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j5s
タイトルCrystal structure of uronate isomerase (TM0064) from Thermotoga maritima at 2.85 A resolution
要素URONATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / TM0064 / URONATE ISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


グルクロン酸イソメラーゼ / glucuronate isomerase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process
類似検索 - 分子機能
Uronate isomerase / グルクロン酸イソメラーゼ / uronate isomerase, domain 2, chain A / uronate isomerase, domain 2, chain A / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of uronate isomerase (TM0064) from Thermotoga maritima at 2.85 A resolution.
著者: Schwarzenbacher, R. / Canaves, J.M. / Brinen, L.S. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Elsliger, M.A. / Eshaghi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Guda, C. / Jaroszewski, ...著者: Schwarzenbacher, R. / Canaves, J.M. / Brinen, L.S. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Elsliger, M.A. / Eshaghi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Guda, C. / Jaroszewski, L. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.A. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Robb, A. / Rodrigues, K. / Selby, T.L. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / Van Den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2002年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42023年1月25日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 600HETEROGEN Residues H30, H32, W366, D397 coordinate a putative metal ion which has been modeled as ...HETEROGEN Residues H30, H32, W366, D397 coordinate a putative metal ion which has been modeled as water 1 (chain A), 2 (chain B) and 3 (chain C).'

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URONATE ISOMERASE
B: URONATE ISOMERASE
C: URONATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,5203
ポリマ－161,5203
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12090 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area48260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.413, 79.962, 89.430
Angle α, β, γ (deg.)115.73, 97.57, 110.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 URONATE ISOMERASE / Glucuronate isomerase / Uronic isomerase


分子量: 53840.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: TM0064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WXR9, グルクロン酸イソメラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.8
詳細: 50% (v/v) PEG-200, 0.1M Tris pH 7.0, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K, pH 6.80
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 %(v/v)PEG2001reservoir
20.1 MTris1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9184, 0.9794, 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.97941
30.97921
反射解像度: 2.85→76.7 Å / Num. obs: 38502 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.36 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.232 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4データ削減
CCP4モデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→24.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 21.087 / SU ML: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.439
詳細: HOMOTRIMER, INVISIBLE SIDECHAIN IN RESIDUES 12,36,112,128,168,178,185,187,190,191,194,195,222, 223,257,258,398, UNACCOUNTED DENSITY NEXT TO M377 AND P344, UNACCOUNTED DENSITY NEXT TO R178.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1938 5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs-36521 96.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0.71 Å2-0.4 Å2
2---0.34 Å20.01 Å2
3----0.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.36 Å
Luzzati d res low-6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→24.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11068 0 0 107 11175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02111122
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.93615100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.937322954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.13931348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.291151959
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2710.33297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.311132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.030.55
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2310.51012
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1480.538
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5110.337
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4740.341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4960.58
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.3950.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.28526723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.291310820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.06924399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.82334280
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 162
Rwork0.265 2704
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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