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Yorodumi- PDB-3iac: 2.2 Angstrom Crystal Structure of Glucuronate Isomerase from Salm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3iac | ||||||
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Title | 2.2 Angstrom Crystal Structure of Glucuronate Isomerase from Salmonella typhimurium. | ||||||
Components | Glucuronate isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Glucuronate Isomerase / idp02065 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucuronate isomerase / glucuronate isomerase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.22 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 2.2 Angstrom Crystal Structure of Glucuronate Isomerase from Salmonella typhimurium. Authors: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3iac.cif.gz | 311.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3iac.ent.gz | 264.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3iac.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3iac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/3iac | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 54691.254 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella Typhimurium (bacteria) / Strain: LT2 / Gene: STM3137, uxaC / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-DE3 / References: UniProt: Q8ZM23, glucuronate isomerase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Protein solution: 0.3M NaCl, 10mM HEPES (pH 7.5); Screen solution: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 11, 2009 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.22→50 Å / Num. all: 104505 / Num. obs: 104505 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.22→2.26 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5151 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.22→29.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 8.691 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL Isotropic thermal model: Individual Isotropic Temperature Factors Refined Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.146 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.161 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.22→29.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.22→2.282 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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