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Yorodumi- PDB-4i6v: The crystal structure of an amidohydrolase 2 from Planctomyces li... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i6v | ||||||
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Title | The crystal structure of an amidohydrolase 2 from Planctomyces limnophilus DSM 3776 | ||||||
Components | Amidohydrolase 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucuronate isomerase / glucuronate isomerase activity / glucuronate catabolic process / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Planctomyces limnophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.137 Å | ||||||
Authors | Fan, Y. / Tan, K. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of an amidohydrolase 2 from Planctomyces limnophilus DSM 3776 Authors: Fan, Y. / Tan, K. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i6v.cif.gz | 519.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i6v.ent.gz | 444.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i6v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/4i6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/4i6v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The chains A, B and C form a trimer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 49908.598 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Planctomyces limnophilus (bacteria) / Strain: DSM 3776 / Gene: Planctomyces limnophilus, Plim_2160 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: D5SMT1 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 HEPES:NaOH, 25% (w/v) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 7, 2010 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.137→46 Å / Num. all: 73652 / Num. obs: 73652 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 25.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3289 / % possible all: 90.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.137→45.893 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.568 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.137→45.893 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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