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- PDB-3v4r: Crystal structure of a UvrB dimer-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4r
タイトルCrystal structure of a UvrB dimer-DNA complex
要素
  • DNA: 5 -TACTGTTT-3
  • UvrABC system protein B
キーワードHYDROLASE/DNA / Helicase motifs and a beta-hairpin / DNA helicase / UvrA / ATP hydrolysis / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #240 / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain ...Helix Hairpins - #240 / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helix Hairpins / Helix non-globular / Helicase conserved C-terminal domain / Special / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Webster, M.P.J. / Jukes, R. / Barrett, T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the UvrB dimer: insights into the nature and functioning of the UvrAB damage engagement and UvrB-DNA complexes.
著者: Webster, M.P. / Jukes, R. / Zamfir, V.S. / Kay, C.W. / Bagneris, C. / Barrett, T.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UvrABC system protein B
B: UvrABC system protein B
C: DNA: 5 -TACTGTTT-3
D: DNA: 5 -TACTGTTT-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,2086
ポリマ－159,3534
非ポリマー8542
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area50140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.940, 100.310, 163.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit is comprised of a UvrB dimer, two DNA 7mers and 2 molecules of ADP

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要素

#1: タンパク質 UvrABC system protein B / Protein UvrB / Excinuclease ABC subunit B / Protein DinA


分子量: 77269.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU35170, dinA, uvr, uvrB / プラスミド: pET 8c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: P37954, EC: 3.1.21.5
#2: DNA鎖 DNA: 5 -TACTGTTT-3


分子量: 2407.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised DNA
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals were grown from 0.1M MES ph 6.5, 12% PEG 20,0000, Microbatch, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月15日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→19.91 Å / Num. all: 25439 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 89.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.25→3.33 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique all: 13804 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Protein co-ordinates from 2D7D

2d7d


解像度: 3.25→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9306 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 1297 5.11 %RANDOM
Rwork0.1797 ---
all0.1817 25439 --
obs0.1817 25392 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.2322 Å20 Å20 Å2
2--12.1259 Å20 Å2
3----1.8937 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.522 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8526 254 35 0 8815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018998HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2212331HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.953000SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0076183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01311358HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.018998HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion20.951292SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20.959787SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.38 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2877 153 5.41 %
Rwork0.2237 2677 -
all0.2271 2830 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25860.198-0.35091.0715-0.15621.0667-0.00080.0412-0.05820.1742-0.0057-0.0189-0.07040.11420.0065-0.11330.0529-0.0344-0.1178-0.0424-0.13665.6313-0.5597-49.2851
21.0841-0.6608-0.00531.80010.29620.743-0.0829-0.0311-0.21180.0870.04910.24270.1406-0.0730.0338-0.1885-0.0764-0.0709-0.03870.02-0.1301-20.88233.6926-70.902
32.62610.76551.9961.1737-1.05010.5323-0.00210.08440.0394-0.04870.0052-0.01590.01220.0388-0.0031-0.07910.0645-0.10750.0628-0.04390.0993-15.3139.5494-73.3775
40.0110.50171.54452.26841.46651.29260.00270.0651-0.08450.05080.0282-0.02450.02720.0718-0.0310.1154-0.1008-0.0960.00380.0065-0.08034.0902-8.304-52.5323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B3 - 701
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 8
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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