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Yorodumi- PDB-5bq2: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransf... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bq2 | ||||||
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Title | Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase (UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase, EPT) from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
Components | UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / Enoylpyruvate transferase / EPT / murA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase (UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase, EPT) from Pseudomonas aeruginosa Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bq2.cif.gz | 696.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bq2.ent.gz | 574.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bq2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bq2_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5bq2_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 5bq2_validation.xml.gz | 82.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5bq2_validation.cif.gz | 123.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bq2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vcyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45891.738 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / Gene: murA, PA4450 / Plasmid: PsaeA.00952.a.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9HVW7, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase #2: Chemical | ChemComp-EPU / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Microlytics MCSG1 A11: 10% PEG 4000, 200mM MgCl2, 100mM MES/NaOH pH 6.5, PsaeA.00952.a.B1.PS02212 at 17mg/ml + 3mM UDP-N-acetylglucosamine + 3mM phosphoenolpyruvate, cryo: 20% EG in 2 steps; ...Details: Microlytics MCSG1 A11: 10% PEG 4000, 200mM MgCl2, 100mM MES/NaOH pH 6.5, PsaeA.00952.a.B1.PS02212 at 17mg/ml + 3mM UDP-N-acetylglucosamine + 3mM phosphoenolpyruvate, cryo: 20% EG in 2 steps; tray 260011a11, puck fvw9-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Apr 2, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 194666 / Num. obs: 193295 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 12.07 / Num. measured all: 780951 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3vcy modified with CCP4 program CHAINSAW Resolution: 1.7→43.414 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 60.33 Å2 / Biso mean: 17.1776 Å2 / Biso min: 4.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→43.414 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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