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- PDB-1izm: Structure of ygfB from Haemophilus influenzae (HI0817), a Conserv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1izm
タイトルStructure of ygfB from Haemophilus influenzae (HI0817), a Conserved Hypothetical Protein
要素HYPOTHETICAL PROTEIN HI0817仮説
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / HI0817 / ygfB / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性YgfB uncharacterised protein family PF03695 / YgfB-like / YgfB-like superfamily / Uncharacterised protein family (UPF0149) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / 細胞質基質 / UPF0149 protein HI_0817
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Galkin, A. / Sarikaya, E. / Lehmann, C. / Howard, A. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: X-ray structure of HI0817 from Haemophilus influenzae: protein of unknown function with a novel fold.
著者: Galkin, A. / Sarikaya, E. / Lehmann, C. / Howard, A. / Herzberg, O.
履歴
登録2002年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0817


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6041
ポリマ－20,6041
非ポリマー00
水3,621201
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0817

A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0817


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2082
ポリマ－41,2082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_466y-1,x+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)42.3, 42.3, 198.5
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細Dimer.The asymmetric unit contains one monomer. The dimer is generated from the monomer by a crystallographic symmetry: Y-1, X+1,-Z+1

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN HI0817 / 仮説


分子量: 20604.152 Da / 分子数: 1 / 変異: L8M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI0817 / プラスミド: pET100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P44882
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 1.4 M ammonimum sulfate, 0.05 M potassium phosphate, 3% iso-propanol, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris-HCl1droppH7.0
2150 mM1dropNaCl
31.4 Mammonium sulfate1reservoir
40.05 Mpotassium phosphate1reservoirpH4.8
54 %isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97946, 0.97961, 0.96863
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月6日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal system / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979461
20.979611
30.968631
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 14167 / Num. obs: 14167 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.097 / % possible all: 91.9
反射
*PLUS
Num. obs: 24638 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 298675 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 951 -random
Rwork0.194 ---
all-14054 --
obs-13482 95.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1336 0 0 201 1537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.8
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.305 84
Rwork0.215 -
obs-1193
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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