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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hxz | ||||||
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タイトル | MINIPROTEIN MP-2 COMPLEX WITH STREPTAVIDIN | ||||||
要素 |
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キーワード | UNKNOWN FUNCTION / CONFORMATIONAL ENSEMBLE / MINI-PROTEINS / DISULPHIDE CONSTRAINED LOOPS / ENTROPICALLY RESTRAINED PROTEINS / PEPTIDES (ペプチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, H.W. / Liu, D.Q. / Fan, X. / White, M.A. / Fox, R.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Conformational Ensemble Analysis of Ligand Binding in Streptavidin Mini-Protein Complexes 著者: Yang, H.W. / Liu, D.Q. / Fan, X. / White, M.A. / Fox, R.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hxz.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hxz.ent.gz | 47.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hxz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/1hxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/1hxz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated from the dimer by the two fold axis: -x,y,1/2-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13409.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1653.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 100mM potassium acetate, 32% AMMONIUM SULFATE , pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月14日 / 詳細: MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: MULTILAYER OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→29.1 Å / Num. obs: 28243 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.87 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.134 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1SLD STREPTAVIDIN TETRAMER 解像度: 1.8→29.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 747543.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.54 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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