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万見
- PDB-1htj: STRUCTURE OF THE RGS-LIKE DOMAIN FROM PDZ-RHOGEF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1htj
タイトルSTRUCTURE OF THE RGS-LIKE DOMAIN FROM PDZ-RHOGEF
要素KIAA0380
キーワードSIGNALING PROTEIN / RGS-like / Regulator of G protein signaling / GEF / Guanine nucleotide exchange factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / establishment of cell polarity / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / striated muscle contraction ...Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / establishment of cell polarity / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / striated muscle contraction / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / regulation of cell growth / G alpha (12/13) signalling events / actin cytoskeleton organization / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain ...Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Lewis, M.E. / Chikumi, H. / Gutkind, J.S. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structure of the RGS-like domain from PDZ-RhoGEF: linking heterotrimeric g protein-coupled signaling to Rho GTPases.
著者: Longenecker, K.L. / Lewis, M.E. / Chikumi, H. / Gutkind, J.S. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2000年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: KIAA0380


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9011
ポリマ－23,9011
非ポリマー00
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.61, 61.61, 201.91
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The assymetric unit contains a protein fragment that is a single domain isolated from a multi-domain protein, and is not known to organize into multimers.

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要素

#1: タンパク質 KIAA0380


分子量: 23901.242 Da / 分子数: 1 / 断片: RGS-LIKE DOMAIN (RESIDUES 281-490) / 変異: K463A, E465A, E466A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0380 / Plasmid details: BASED ON PET22B / プラスミド: PHIS-PARALLEL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O15085
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Ammonium Sulfate, PEG 400, Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
35 mMdithiothreitol1drop
440-42 %satammonium sulfate1reservoir
52 %PEG4001reservoir
6100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9717 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 12161 / Num. obs: 12161 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1160 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 57934
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 799 6.5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.226 11167 91 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.212 Å2-8.331 Å20 Å2
2---10.212 Å20 Å2
3---20.423 Å2
Refine analyze
ObsFree
Luzzati d res low5 Å-
Luzzati sigma a0.35 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1445 0 0 84 1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0078
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.257
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.34
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7427
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 69 -
Rwork0.36 820 -
obs-889 76 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 6.5 % / Rfactor all: 0.226 / Rfactor obs: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.34
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7427
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.381 / Rfactor Rwork: 0.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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