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万見
- PDB-4k6x: Crystal structure of disulfide oxidoreductase from Mycobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k6x
タイトルCrystal structure of disulfide oxidoreductase from Mycobacterium tuberculosis
要素Disulfide oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DsbA / Disulfide oxidase / VKOR / Thioredoxin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Possible conserved membrane or secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.972 Å
データ登録者Premkumar, L. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Rv2969c, essential for optimal growth in Mycobacterium tuberculosis, is a DsbA-like enzyme that interacts with VKOR-derived peptides and has atypical features of DsbA-like disulfide oxidases.
著者: Premkumar, L. / Heras, B. / Duprez, W. / Walden, P. / Halili, M. / Kurth, F. / Fairlie, D.P. / Martin, J.L.
履歴
登録2013年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disulfide oxidoreductase
B: Disulfide oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8784
ポリマ－44,5522
非ポリマー3262
水7,422412
1
A: Disulfide oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5142
ポリマ－22,2761
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Disulfide oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3642
ポリマ－22,2761
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.050, 92.050, 232.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

21A-507-

HOH

31B-436-

HOH

41B-573-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Disulfide oxidoreductase


分子量: 22275.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 52-261 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv2969c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O33272
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Na Malonate, 1,4-dioxane and polyvinylpyrrolidone, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月2日
放射モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→85.6 Å / Num. all: 35185 / Num. obs: 35185 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.97-2.087.80.6563.3199.3
6.23-85.67.80.04135.2196.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.972→59.324 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 1763 5.01 %
Rwork0.1484 --
obs0.1507 35176 98.39 %
all-35175 -
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.972→59.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2936 0 17 412 3365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113086
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6811117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9716-2.02490.29081380.21282512X-RAY DIFFRACTION99
2.0249-2.08440.24741220.18282589X-RAY DIFFRACTION99
2.0844-2.15170.22361570.16012521X-RAY DIFFRACTION99
2.1517-2.22860.21191330.14762557X-RAY DIFFRACTION99
2.2286-2.31790.19431590.14322541X-RAY DIFFRACTION99
2.3179-2.42340.17491240.1392576X-RAY DIFFRACTION99
2.4234-2.55110.20051430.14112541X-RAY DIFFRACTION99
2.5511-2.7110.22841410.15362548X-RAY DIFFRACTION99
2.711-2.92030.2161430.162548X-RAY DIFFRACTION98
2.9203-3.21410.20621220.15212589X-RAY DIFFRACTION98
3.2141-3.67920.15391330.12992590X-RAY DIFFRACTION98
3.6792-4.63510.15761260.11722601X-RAY DIFFRACTION97
4.6351-59.35060.19951220.17132700X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42820.0528-0.13142.4619-0.81332.14890.0046-0.01030.0484-0.05010.06380.12750.0506-0.2485-0.07290.0827-0.0287-0.00930.1928-0.0250.1431-35.2456-29.166215.7714
21.2852-0.5622-0.38721.78460.3381.69240.10610.09810.0985-0.0915-0.031-0.2003-0.11540.3945-0.0680.1149-0.03960.02010.2824-0.01750.1887-7.2328-17.327813.5223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 57 through 255 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 57 through 255 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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