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万見
- PDB-2rr6: Solution structure of the leucine rich repeat of human acidic leu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rr6
タイトルSolution structure of the leucine rich repeat of human acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
要素Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
キーワードGENE REGULATION / PHAPI2 PROTEIN / SILVER-STAINABLE PROTEIN SSP29 / ACIDIC PROTEIN RICH IN LEUCINES / RDC
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / inner ear development / roof of mouth development / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of protein export from nucleus / nucleosome assembly / histone binding / regulation of apoptotic process ...ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / inner ear development / roof of mouth development / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of protein export from nucleus / nucleosome assembly / histone binding / regulation of apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / Leucine Rich repeats (2 copies) / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat ...Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / Leucine Rich repeats (2 copies) / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Tochio, N. / Umehara, T. / Tsuda, K. / Koshiba, S. / Harada, T. / Watanabe, S. / Tanaka, A. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of histone chaperone ANP32B: interaction with core histones H3-H4 through its acidic concave domain.
著者: Tochio, N. / Umehara, T. / Munemasa, Y. / Suzuki, T. / Sato, S. / Tsuda, K. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Nagai, R. / Yokoyama, S.
履歴
登録2010年5月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8431
ポリマ－18,8431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B / Acidic protein rich in leucines / Putative HLA-DR-associated protein I-2 / PHAPI2 / Silver- ...Acidic protein rich in leucines / Putative HLA-DR-associated protein I-2 / PHAPI2 / Silver-stainable protein SSP29


分子量: 18842.559 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 1-161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANP32B / 発現宿主: cell-free synthesis (未定義) / 参照: UniProt: Q92688

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1322D 1H-15N IPAP HSQC
1432D 1H-15N IPAP HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.3mM [U-13C; U-15N] protein-1, 20mM [U-2H] TRIS-2, 100mM sodium chloride-3, 1mM [U-2H] DTT-4, 0.02 % sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5mM [U-13C; U-15N] protein-6, 20mM [U-2H] TRIS-7, 100mM sodium chloride-8, 1mM [U-2H] DTT-9, 0.02 % sodium azide-10, 5 % C12E5/n-hexanol-11, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5mM [U-13C; U-15N] protein-12, 20mM [U-2H] TRIS-13, 100mM sodium chloride-14, 1mM [U-2H] DTT-15, 0.02 % sodium azide-16, 9 % polyacrylamide gel-17, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMprotein-1[U-13C; U-15N]1
20 mMTRIS-2[U-2H]1
100 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-4[U-2H]1
0.02 %sodium azide-51
0.5 mMprotein-6[U-13C; U-15N]2
20 mMTRIS-7[U-2H]2
100 mMsodium chloride-82
1 mMDTT-9[U-2H]2
0.02 %sodium azide-102
5 %C12E5/n-hexanol-112
0.5 mMprotein-12[U-13C; U-15N]3
20 mMTRIS-13[U-2H]3
100 mMsodium chloride-143
1 mMDTT-15[U-2H]3
0.02 %sodium azide-163
9 %polyacrylamide gel-173
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
KUJIRAN. Kobayashiデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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