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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hqf | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME ARGINASE COMPLEXED WITH N-HYDROXY-L-ARGININE | ||||||
要素 | ARGINASE 1アルギナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / arginase (アルギナーゼ) / N-Hydroxy-L-Arginine (NOHA) / binuclear manganese cluster / metalloenzyme (金属タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of L-arginine import across plasma membrane / 尿素回路 / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginine metabolic process / arginine catabolic process to ornithine / response to selenium ion / アルギナーゼ ...regulation of L-arginine import across plasma membrane / 尿素回路 / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginine metabolic process / arginine catabolic process to ornithine / response to selenium ion / アルギナーゼ / arginase activity / 尿素回路 / response to methylmercury / response to vitamin A / response to herbicide / response to steroid hormone / response to manganese ion / Neutrophil degranulation / response to zinc ion / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / defense response to protozoan / response to amine / negative regulation of activated T cell proliferation / maternal process involved in female pregnancy / response to axon injury / response to vitamin E / response to amino acid / response to cadmium ion / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to interleukin-4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / liver development / female pregnancy / lung development / response to peptide hormone / cellular response to hydrogen peroxide / manganese ion binding / cellular response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / response to xenobiotic stimulus / 自然免疫系 / neuronal cell body / extracellular space / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Cox, J.D. / Cama, E. / Colleluori, D.M. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Mechanistic and metabolic inferences from the binding of substrate analogues and products to arginase. 著者: Cox, J.D. / Cama, E. / Colleluori, D.M. / Pethe, S. / Boucher, J.L. / Mansuy, D. / Ash, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hqf.cif.gz | 187.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hqf.ent.gz | 150 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hqf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | the biological assembly is a trimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35019.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07824, アルギナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, BICINE, manganese chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 詳細: Kanyo, Z.F., (1992) J.Mol.Biol., 224, 1175. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月20日 |
放射 | モノクロメーター: filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 17524 / Num. obs: 17424 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / % possible all: 86.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 17524 / Num. measured all: 31263 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.7 % / Num. unique obs: 781 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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