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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hnh | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III + DEGRADED FORM OF ACETYL-COA | ||||||
要素 | BETA-KETOACYL-ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE III | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / FabH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Qiu, X. / Janson, C.A. / Smith, W.W. / Head, M. / Lonsdale, J. / Konstantinidis, A.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Refined structures of beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III. 著者: Qiu, X. / Janson, C.A. / Smith, W.W. / Head, M. / Lonsdale, J. / Konstantinidis, A.K. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Crystal Structure of Beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase III. A Key Condensing Enzyme in Bacterial Fatty Acid Biosynthesis 著者: Qiu, X. / Janson, C.A. / Konstantinidis, A.K. / Nwagwu, S. / Silverman, C. / Smith, W.W. / Khandekar, S.K. / Lonsdale, J. / Abdel-Meguid, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hnh.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hnh.ent.gz | 59.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hnh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/1hnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/1hnh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33964.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I |
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#2: 化合物 | ChemComp-COA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.04 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEK4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Janson, C.A., (2000) Acta Crystallogr.D, 56, 747. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月1日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 203786 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 | *PLUS Num. obs: 33450 / Num. measured all: 203786 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 51.1 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 詳細: THE ACETYL-CoA WAS DEGRADED TO COA. CYSTEINE 112 IS ACETYLATED AND IS LABELLED AS SCY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 33450 / Num. reflection obs: 30884 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |