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- PDB-1hlv: CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-B(1-129) COMPLEXED WITH THE CENP-B BOX DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hlv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CENP-B(1-129) COMPLEXED WITH THE CENP-B BOX DNA
要素
  • (CENP-B BOX DNA) x 2
  • MAJOR CENTROMERE AUTOANTIGEN B
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / HELIX-TURN-HELIX / PROTEIN-DNA COMPLEX / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / centromeric DNA binding / condensed chromosome, centromeric region / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / chromosome / sequence-specific DNA binding / nuclear body / chromatin binding / DNA binding ...satellite DNA binding / centromeric DNA binding / condensed chromosome, centromeric region / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / chromosome / sequence-specific DNA binding / nuclear body / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Centromere protein CENP-B, C-terminal domain / CENP-B, dimerisation domain superfamily / : / Centromere protein B dimerisation domain / CENP-B N-terminal DNA-binding domain / DNA binding HTH domain, Psq-type / Psq-type HTH domain profile. / DDE superfamily endonuclease domain / HTH CenpB-type DNA-binding domain / DDE superfamily endonuclease ...Centromere protein CENP-B, C-terminal domain / CENP-B, dimerisation domain superfamily / : / Centromere protein B dimerisation domain / CENP-B N-terminal DNA-binding domain / DNA binding HTH domain, Psq-type / Psq-type HTH domain profile. / DDE superfamily endonuclease domain / HTH CenpB-type DNA-binding domain / DDE superfamily endonuclease / Tc5 transposase DNA-binding domain / CENPB-type HTH domain profile. / Putative DNA-binding domain in centromere protein B, mouse jerky and transposases. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Major centromere autoantigen B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Nureki, O. / Kurumizaka, H. / Fukai, S. / Kawaguchi, S. / Ikuta, M. / Iwahara, J. / Okazaki, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the CENP-B protein-DNA complex: the DNA-binding domains of CENP-B induce kinks in the CENP-B box DNA.
著者: Tanaka, Y. / Nureki, O. / Kurumizaka, H. / Fukai, S. / Kawaguchi, S. / Ikuta, M. / Iwahara, J. / Okazaki, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2000年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CENP-B BOX DNA
C: CENP-B BOX DNA
A: MAJOR CENTROMERE AUTOANTIGEN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0563
ポリマ－28,0563
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.374, 83.374, 139.021
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: DNA鎖 CENP-B BOX DNA


分子量: 6494.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#2: DNA鎖 CENP-B BOX DNA


分子量: 6392.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#3: タンパク質 MAJOR CENTROMERE AUTOANTIGEN B / CENP-B


分子量: 15169.706 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENP-B / プラスミド: PET15D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P07199
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, potassium cacodylate, magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2potassium cacodylate11
3MgCl211
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13-6 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium acetate1reservoir
350 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
415 %1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 19313 / Num. obs: 19313 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 58.195 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 19126 / % possible obs: 98.5 % / Num. measured all: 619774 / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 940 -RANDOM
Rwork0.2219 ---
all0.2219 19313 --
obs0.2219 19313 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.8703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.82 Å2-4.385 Å20 Å2
2---5.82 Å20 Å2
3---11.639 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1066 855 0 98 2019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.07324
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005558
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.42049
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.27355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.590.3931870.3484X-RAY DIFFRACTION0.976
2.59-2.690.3441040.3204X-RAY DIFFRACTION0.998
2.69-2.820.3053860.2793X-RAY DIFFRACTION0.9953
2.82-2.960.3659970.3077X-RAY DIFFRACTION0.9985
2.96-3.150.3268850.2693X-RAY DIFFRACTION0.999
3.15-3.390.25681050.2201X-RAY DIFFRACTION0.9985
3.39-3.730.2872950.2454X-RAY DIFFRACTION1
3.73-4.270.2163970.2013X-RAY DIFFRACTION1
4.27-5.380.2383860.1788X-RAY DIFFRACTION0.9994
5.38-300.2027980.1723X-RAY DIFFRACTION0.9896
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2253 / Rfactor Rfree: 0.2653
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.42049
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.27355
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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