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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hld | ||||||
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タイトル | STRUCTURES OF HORSE LIVER ALCOHOL DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH NAD+ AND SUBSTITUTED BENZYL ALCOHOLS | ||||||
要素 | ALCOHOL DEHYDROGENASEアルコールデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(CH-OH(D)-NAD(A)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ramaswamy, S. / Eklund, H. / Plapp, B.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Structures of horse liver alcohol dehydrogenase complexed with NAD+ and substituted benzyl alcohols. 著者: Ramaswamy, S. / Eklund, H. / Plapp, B.V. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: Binding of Substrate in a Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Eklund, H. / Plapp, B.V. / Samama, J.-P. / Branden, C.-I. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Structure of a Triclinic Ternary Complex of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.9 Angstroms Resolution 著者: Eklund, H. / Samama, J.-P. / Wallen, L. / Branden, C.-I. / Akeson, A. / Jones, T.A. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: Three-Dimensional Structure of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase at 2.4 Angstroms Resolution 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.-O. / Tapia, O. / Branden, C.-I. / Akeson, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hld.cif.gz | 163.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hld.ent.gz | 127.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/1hld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/1hld | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 62 / 2: CIS PROLINE - PRO B 62 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.1039, -0.0989, -0.9897), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN A WHEN APPLIED TO CHAIN B. | |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39853.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) 参照: UniProt: P00327, アルコールデヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 404分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | THE PENTAFLUORO- AND PARA-BROMOBENZYL ALCOHOLS BIND IN OVERLAPPING POSITIONS; THE HYDROXYL GROUP OF ...THE PENTAFLUOR |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 3-7 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown / 詳細: Plapp, B. V., (1978) J.Mol.Biol., 122, 23. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 37152 / % possible obs: 84 % / Num. measured all: 65557 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rwork: 0.183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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