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万見
- PDB-1hh9: ANTI-P24 (HIV-1) FAB FRAGMENT CB41 COMPLEXED WITH A PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hh9
タイトルANTI-P24 (HIV-1) FAB FRAGMENT CB41 COMPLEXED WITH A PEPTIDE
要素
  • IGG2A KAPPA ANTIBODY CB41 (HEAVY CHAIN)
  • IGG2A KAPPA ANTIBODY CB41 (LIGHT CHAIN)
  • PEP-2
キーワードIMMUNE SYSTEM/PEPTIDE (免疫系) / COMPLEX (ANTIBODY-PEPTIDE) / POLYSPECIFICITY / CROSSREACTIVITY / FAB-FRAGMENT / HIV-1 / IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / antibacterial humoral response / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-2A chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hahn, M. / Wessner, H. / Schneider-Mergener, J. / Hohne, W.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Evolutionary Transition Pathways for Changing Peptide Ligand Specificity and Structure
著者: Hoffmuller, U. / Knaute, T. / Hahn, M. / Hohne, W. / Schneider-Mergener, J. / Kramer, A.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Crystallographic Analysis of Anti-P24 (HIV-1) Monoclonal Antibody Cross-Reactivity and Polyspecificity
著者: Keitel, T. / Kramer, A. / Wessner, H. / Scholz, C. / Schneider-Mergener, J. / Hohne, W.
履歴
登録2000年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年10月9日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG2A KAPPA ANTIBODY CB41 (LIGHT CHAIN)
B: IGG2A KAPPA ANTIBODY CB41 (HEAVY CHAIN)
C: PEP-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7843
ポリマ－47,7843
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.720, 102.720, 295.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: 抗体 IGG2A KAPPA ANTIBODY CB41 (LIGHT CHAIN)


分子量: 23928.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: CB 4/1/1/F6 B-CELL HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 IGG2A KAPPA ANTIBODY CB41 (HEAVY CHAIN)


分子量: 22669.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: CB 4/1/1/F6 B-CELL HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01864*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド PEP-2


分子量: 1185.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: EPITOPE-RELATED PEPTIDE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細NH2: THE SYNTHETIC PEPTIDE HAS ITS C-TERMINAL END BLOCKED WITH AN AMIDE GROUP.
配列の詳細THE SEQUENCE IS RELATED TO THE ENTRY 1BOG. THE TWO RESIDUES IN THIS ENTRY VALB168, VALB171 ARE ...THE SEQUENCE IS RELATED TO THE ENTRY 1BOG. THE TWO RESIDUES IN THIS ENTRY VALB168, VALB171 ARE LEU168 AND LEU171 RESPECTIVELY IN THE ENTRY 1BOG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HANGING DROP SET UP AT ROOM TEMPERATURE PROTEIN CONCENTRATION: 10 MG/ML RESERVOIR: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MOPS-BUFFER, PH 7.5.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.8 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MMOPS1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→16 Å / Num. obs: 24567 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BOG

1bog


解像度: 2.7→16 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.333 1225 5 %RANDOM
Rwork0.282 ---
obs0.282 24567 95.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 0 52 3401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN.LIMK

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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