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- PDB-1h2s: Molecular basis of transmenbrane signalling by sensory rhodopsin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h2s
タイトルMolecular basis of transmenbrane signalling by sensory rhodopsin II-transducer complex
要素
  • SENSORY RHODOPSIN II TRANSDUCER
  • SENSORY RHODOPSIN II
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MENBRANE PROTEIN COMPLEX / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / 走化性 / transmembrane signaling receptor activity / monoatomic ion channel activity / シグナル伝達 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain ...Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / Bacterial rhodopsins retinal binding site. / HAMP domain profile. / HAMP domain / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
レチナール / Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II transducer
類似検索 - 構成要素
生物種NATRONOMONAS PHARAONIS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Gordeliy, V.I. / Labahn, J. / Moukhametzianov, R. / Efremov, R. / Granzin, J. / Schlesinger, R. / Bueldt, G. / Savopol, T. / Scheidig, A. / Klare, J.P. / Engelhard, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Molecular Basis of Transmembrane Signalling by Sensory Rhodopsin II-Transducer Complex
著者: Gordeliy, V.I. / Labahn, J. / Moukhametzianov, R. / Efremov, R. / Granzin, J. / Schlesinger, R. / Bueldt, G. / Savopol, T. / Scheidig, A. / Klare, J.P. / Engelhard, M.
履歴
登録2002年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_validate_close_contact / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SENSORY RHODOPSIN II
B: SENSORY RHODOPSIN II TRANSDUCER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3774
ポリマ－29,8002
非ポリマー5772
水72140
1
A: SENSORY RHODOPSIN II
B: SENSORY RHODOPSIN II TRANSDUCER
ヘテロ分子

A: SENSORY RHODOPSIN II
B: SENSORY RHODOPSIN II TRANSDUCER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7548
ポリマ－59,6004
非ポリマー1,1544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.300, 46.960, 53.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 SENSORY RHODOPSIN II /


分子量: 24085.465 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIS-TAG / 由来: (組換発現) NATRONOMONAS PHARAONIS (古細菌) / プラスミド: PET27BMOD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42196
#2: タンパク質 SENSORY RHODOPSIN II TRANSDUCER / TRANSDUCER HTR II FRAGMENT / HTR-II / METHYL-ACCEPTING PHOTOTAXIS PROTEIN II / MPP-II


分子量: 5714.688 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 23-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIS-TAG / 由来: (組換発現) NATRONOMONAS PHARAONIS (古細菌) / プラスミド: PET27BMOD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42259
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SENSORY RHODOPSIN II INVOLVED IN CONTROL OF PHOTOTAXIS. SEEMS TO ACTIVATE A METHYL-ACCEPTING ...SENSORY RHODOPSIN II INVOLVED IN CONTROL OF PHOTOTAXIS. SEEMS TO ACTIVATE A METHYL-ACCEPTING PROTEIN (HTR-II). SENSORY RHODOPSIN II TRANSDUCER (HTR-II) TRANSDUCES SIGNALS FROM THE PHOTOTAXIS RECEPTOR SENSORY RHODOPSIN II TO FLAGELLAR MOTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.1
詳細: 150 MM NACL, 25 MM NAKPI 5.1 0.8% B-OCTYLGLUCOSID , MONOVACCENIN (CUBIC PHASE) PRECIPITATED BY 1 M NA/KPI 5.8 AT 22 C, pH 5.10
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1150 mM11NaCl
225 mMsodium potassium Pi11pH5.1
30.8 %n-octyl-beta-D-glucopyranoside11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→60 Å / Num. obs: 23156 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.3 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JGJ

1jgj


解像度: 1.93→60 Å / Data cutoff high absF: 1000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2578 1143 4.7 %RANDOM
Rwork0.2255 ---
obs0.2255 23156 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT
原子変位パラメータBiso mean: 32.3815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.111 Å20 Å20 Å2
2---1.799 Å20 Å2
3---3.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2107 0 40 40 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009247
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.07126
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.98526
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79506
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.93→2 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.272 77
Rwork0.2352 1765
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.LINKPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4BOG.PARAMBOG.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.98526
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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