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- PDB-5jjn: Structure of the SRII/HtrII(G83F) Complex in P212121 space group ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jjn | ||||||
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Title | Structure of the SRII/HtrII(G83F) Complex in P212121 space group ("V" shape) | ||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN / sensory rhodopsin II / transducer / membrane protein complex | ||||||
Function / homology | ![]() photoreceptor activity / phototransduction / transmembrane signaling receptor activity / chemotaxis / lysozyme activity / monoatomic ion channel activity / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J. / Remeeva, A. / Polovinkin, V. / Utrobin, P. / Balandin, T. ...Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J. / Remeeva, A. / Polovinkin, V. / Utrobin, P. / Balandin, T. / Engelhard, M. / Bueldt, G. / Gordeliy, V. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: New Insights on Signal Propagation by Sensory Rhodopsin II/Transducer Complex. Authors: Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J.P. / Remeeva, A. / Polovinkin, V. / Utrobin, P. / Balandin, T. / Engelhard, M. / Buldt, G. / Gordeliy, V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 232.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 184.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jjeC ![]() 5jjfC ![]() 5jjjC ![]() 1hs2S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 26534.941 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 14854.804 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G83F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Sugars , 1 types, 2 molecules ![](data/chem/img/BOG.gif)
#4: Sugar |
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-Non-polymers , 3 types, 110 molecules ![](data/chem/img/LFA.gif)
![](data/chem/img/RET.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/RET.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-LFA / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.98 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / Details: 1 M Na/K phosphate pH 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→38.055 Å / Num. obs: 30445 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.501 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1HS2 Resolution: 2.25→38.055 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→38.055 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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