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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fxx | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF EXONUCLEASE I SUGGESTS HOW PROCESSIVITY IS ACHIEVED | ||||||
要素 | EXONUCLEASE I | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha-beta domain / SH3-like domain / DnaQ superfamily | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA repair / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Breyer, W.A. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structure of Escherichia coli exonuclease I suggests how processivity is achieved. 著者: Breyer, W.A. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fxx.cif.gz | 106.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fxx.ent.gz | 81.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fxx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fxx_validation.pdf.gz | 437.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fxx_full_validation.pdf.gz | 443.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fxx_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fxx_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/1fxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/1fxx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55510.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04995, exodeoxyribonuclease I |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 25 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.85 - 2.0M Na/K Phosphate, 20% v/v Glycerol, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS PH range low: 6.5 / PH range high: 6 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 25722 / Num. obs: 24672 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / % possible all: 96.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 462433 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.204 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |