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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fl3 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE BLUE FLUORESCENT ANTIBODY (19G2) IN COMPLEX WITH STILBENE HAPTEN AT 277K | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Stevens, R.C. / Beuscher IV, A.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2000 タイトル: Blue-fluorescent antibodies. 著者: Simeonov, A. / Matsushita, M. / Juban, E.A. / Thompson, E.H. / Hoffman, T.Z. / Beuscher IV, A.E. / Taylor, M.J. / Wirsching, P. / Rettig, W. / McCusker, J.K. / Stevens, R.C. / Millar, D.P. / ...著者: Simeonov, A. / Matsushita, M. / Juban, E.A. / Thompson, E.H. / Hoffman, T.Z. / Beuscher IV, A.E. / Taylor, M.J. / Wirsching, P. / Rettig, W. / McCusker, J.K. / Stevens, R.C. / Millar, D.P. / Schultz, P.G. / Lerner, R.A. / Janda, K.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fl3.cif.gz | 156.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fl3.ent.gz | 131.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fl3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1fl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1fl3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 21957.736 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01867*PLUS #2: 抗体 | 分子量: 23323.854 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG4000, magnesium chloride, sodium citrate, methionine, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.42→99 Å / Num. all: 36035 / Num. obs: 36035 / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 2.42→2.51 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Num. unique all: 2648 / % possible all: 70 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.45→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: maximum likelihood target using amplitudes
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
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