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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f6o | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN AAG DNA REPAIR GLYCOSYLASE COMPLEXED WITH DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / Protein-DNA Complex (デオキシリボ核酸) / AAG DNA repair glycosylase / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / DNA alkylation repair / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 ...alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / DNA alkylation repair / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / mitochondrial nucleoid / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / 塩基除去修復 / damaged DNA binding / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lau, A.Y. / Wyatt, M.D. / Glassner, B.J. / Samson, L.D. / Ellenberger, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Molecular basis for discriminating between normal and damaged bases by the human alkyladenine glycosylase, AAG. 著者: Lau, A.Y. / Wyatt, M.D. / Glassner, B.J. / Samson, L.D. / Ellenberger, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f6o.cif.gz | 73.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f6o.ent.gz | 51 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f6o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/1f6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/1f6o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3832.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3975.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 24328.916 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P29372, DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼI |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: PHILLIPS / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→500 Å / Num. all: 13118 / Num. obs: 11332 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 41.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Num. unique all: 1643 / % possible all: 75.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 13252 / % possible obs: 86.1 % / Num. measured all: 100868 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→500 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Used Powell conjugate gradient minimization and torsion angle-restrained molecular dynamics
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→500 Å
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拘束条件 |
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