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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ewn | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN AAG DNA REPAIR GLYCOSYLASE COMPLEXED WITH 1,N6-ETHENOADENINE-DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | hydrolase/DNA / DNA repair (DNA修復) / glycosylase / AAG / ANPG / MPG / 3-methyladenine DNA glycosylase / hydrolase-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / DNA alkylation repair / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 ...alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / depurination / DNA N-glycosylase activity / DNA alkylation repair / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / mitochondrial nucleoid / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / 塩基除去修復 / damaged DNA binding / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lau, A.Y. / Wyatt, M.D. / Glassner, B.J. / Samson, L.D. / Ellenberger, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Molecular basis for discriminating between normal and damaged bases by the human alkyladenine glycosylase, AAG. 著者: Lau, A.Y. / Wyatt, M.D. / Glassner, B.J. / Samson, L.D. / Ellenberger, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ewn.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ewn.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ewn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/1ewn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/1ewn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3686.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 1,N6-ETHENOADENINE-DNA |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3646.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 24327.932 Da / 分子数: 1 / Fragment: E125Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: 2 参照: UniProt: P29372, DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, MgCl2, Tris-HCl, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.01 |
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.01 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→500 Å / Num. all: 18433 / Num. obs: 18163 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Num. unique all: 2183 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 247464 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→500 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Powell conjugate gradient minimization and torsion angle-restrained molecular dynamics
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→500 Å
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拘束条件 |
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