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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ede | ||||||
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タイトル | REFINED X-RAY STRUCTURES OF HALOALKANE DEHALOGENASE AT PH 6.2 AND PH 8.2 AND IMPLICATIONS FOR THE REACTION MECHANISM | ||||||
要素 | HALOALKANE DEHALOGENASE | ||||||
キーワード | DEHALOGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Verschueren, K.H.G. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Refined X-ray structures of haloalkane dehalogenase at pH 6.2 and pH 8.2 and implications for the reaction mechanism. 著者: Verschueren, K.H. / Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase: An Enzyme to Detoxify Halogenated Alkanes 著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10 著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ede.cif.gz | 76.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ede.ent.gz | 57.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ede.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/1ede ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/1ede | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 57 AND 168 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35175.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THERE IS NO H-BOND BETWEEN THE CATALYTIC RESIDUES ASP 124 AND HIS 289 AT PH 8.2. THE CELL ...THERE IS NO H-BOND BETWEEN THE CATALYTIC RESIDUES ASP 124 AND HIS 289 AT PH 8.2. THE CELL DIMENSIONS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.21 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 0 K / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 19853 / % possible obs: 85.2 % / Num. measured all: 46954 / Rmerge(I) obs: 0.0513 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→15 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 19853 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.164 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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