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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2edc | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC AND FLUORESCENCE STUDIES OF THE INTERACTION OF HALOALKANE DEHALOGENASE WITH HALIDE IONS: STUDIES WITH HALIDE COMPOUNDS REVEAL A HALIDE BINDING SITE IN THE ACTIVE SITE | ||||||
![]() | HALOALKANE DEHALOGENASE | ||||||
![]() | DEHALOGENASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / epoxide hydrolase activity / response to toxic substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Verschueren, K.H.G. / Dijkstra, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic and fluorescence studies of the interaction of haloalkane dehalogenase with halide ions. Studies with halide compounds reveal a halide binding site in the active site. 著者: Verschueren, K.H. / Kingma, J. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase: An Enzyme to Detoxify Halogenated Alkanes 著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #2: ![]() タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10 著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO 57 AND PRO 168 ARE CIS PROLINES. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35175.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-IOD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 200.611-612 / PH range low: 7.2 / PH range high: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. all: 32419 / Num. obs: 12054 / Rmerge(I) obs: 0.0665 |
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解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.177 / 最高解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.177 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 11.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_d / Dev ideal: 3.2 |