+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dkw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE WITH MODIFIED SUBSTRATE BINDING SITE | ||||||
要素 | TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASEトリオースリン酸イソメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / TIM BARREL (TIMバレル) / MODIFIED LOOP-8 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycosome / トリオースリン酸イソメラーゼ / triose-phosphate isomerase activity / 糖新生 / glycolytic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Norledge, B.V. / Lambeir, A.M. / Abagyan, R.A. / Rottman, A. / Fernandez, A.M. / Filimonov, V.V. / Peter, M.G. / Wierenga, R.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2001 タイトル: Modeling, mutagenesis, and structural studies on the fully conserved phosphate-binding loop (loop 8) of triosephosphate isomerase: toward a new substrate specificity. 著者: Norledge, B.V. / Lambeir, A.M. / Abagyan, R.A. / Rottmann, A. / Fernandez, A.M. / Filimonov, V.V. / Peter, M.G. / Wierenga, R.K. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1993 タイトル: The Crystal Structure of an Engineered Monomeric Triosephosphate Isomerase, monoTIM: The Correct Modelling of an Eight-Residue Loop. 著者: Borchert, T.V. / Abagyan, R. / Radha Kishan, K.V. / Zeelen, J.P. / Wierenga, R.K. #2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1997 タイトル: Protein Engineering with Monomeric Triosephosphate Isomerase (monoTIM): The Modelling and Structure Verification of a Seven Residue Loop 著者: Thanki, N. / Zeelen, J.P. / Mathieu, M. / Jaenicke, R. / Abagyan, R.A. / Wierenga, R.K. / Schliebs, W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dkw.cif.gz | 102.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1dkw.ent.gz | 79.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dkw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dkw | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25787.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ) 生物種: Trypanosoma bruceiブルーストリパノソーマ 株: brucei / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P04789, トリオースリン酸イソメラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.0 M CITRIC ACID PH 6.5, 20% PEG6000, 2.5% T-BUTANOL, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→22 Å / Num. all: 12311 / Num. obs: 12311 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / % possible all: 73.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. obs: 13258 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Biso Wilson estimate: 40 Å2 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.65 Å / 最低解像度: 2.74 Å / % possible obs: 73.4 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.65→22 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→22 Å
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.65 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. reflection all: 12114 / Num. reflection obs: 12114 / σ(I): 0 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 593 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.183 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 49.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.013 |