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- PDB-3c7t: Crystal structure of the ecdysone phosphate phosphatase, EPPase, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c7t
タイトルCrystal structure of the ecdysone phosphate phosphatase, EPPase, from Bombix mori in complex with tungstate
要素Ecdysteroid-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / phosphatase / ecdysone / 2H-phosphatase / PGM
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysteroid-phosphate phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / UBA-like domain / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Variant SH3 domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. ...: / UBA-like domain / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Variant SH3 domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / TUNGSTATE(VI)ION / Ecdysteroid-phosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Chen, Y. / Carpino, N. / Nassar, N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural and functional characterization of the c-terminal domain of the ecdysteroid phosphate phosphatase from Bombyx mori reveals a new enzymatic activity.
著者: Chen, Y. / Jakoncic, J. / Wang, J. / Zheng, X. / Carpino, N. / Nassar, N.
履歴
登録2008年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ecdysteroid-phosphate phosphatase
B: Ecdysteroid-phosphate phosphatase
C: Ecdysteroid-phosphate phosphatase
D: Ecdysteroid-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,61231
ポリマ－118,2814
非ポリマー2,33227
水10,953608
1
A: Ecdysteroid-phosphate phosphatase
B: Ecdysteroid-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,06914
ポリマ－59,1402
非ポリマー92912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
手法PISA
2
C: Ecdysteroid-phosphate phosphatase
D: Ecdysteroid-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,54317
ポリマ－59,1402
非ポリマー1,40315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.901, 134.410, 135.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ecdysteroid-phosphate phosphatase


分子量: 29570.150 Da / 分子数: 4 / 断片: PGM homology domain (residues 69-331) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / プラスミド: pProEX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7YTB0

-
非ポリマー , 6種, 635分子

#2: 化合物
ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% Peg8000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, 5 mM sodium tungstate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月5日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→32.2 Å / Num. all: 114147 / Num. obs: 114147 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 7361 / Rsym value: 0.654 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→32.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.429 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21058 5703 5 %RANDOM
Rwork0.18049 ---
obs0.18201 108260 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.714 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3----0.89 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.108 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→32.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8176 0 43 608 8827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.96111433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95751032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09623.021384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.243151441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.41570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.24017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.25750
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2530.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1550.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8421.55148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.528293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17833452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4624.53140
LS精密化 シェル解像度: 1.756→1.802 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 379 -
Rwork0.217 7361 -
obs--91.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2824-0.07810.20950.3562-0.15460.39160.0486-0.1368-0.0759-0.03290.0242-0.02220.0573-0.1656-0.0729-0.0057-0.058-0.02070.02150.0387-0.02436.372853.87113.2227
20.3175-0.01320.0920.1341-0.04660.2639-0.00810.00590.07370.0141-0.0011-0.01320.013-0.04570.0092-0.02310.0087-0.005-0.0106-0.00280.00244.611180.5329-8.952
30.09990.0118-0.00660.07380.09350.88740.0113-0.0418-0.0140.0009-0.02930.0009-0.07390.07310.01790.0031-0.0282-0.014-0.01220.0089-0.026932.212474.196820.1678
40.23980.06210.02730.0909-0.03130.262-0.01410.0944-0.00620.03770.0106-0.0050.01520.02020.0035-0.02670.007-0.00210.01760.0039-0.014934.345966.2853-13.7548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA72 - 3304 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2BB72 - 3304 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3CC72 - 3304 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4DD72 - 3304 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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