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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dig | ||||||
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タイトル | HUMAN METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE / CYCLOHYDROLASE COMPLEXED WITH NADP AND INHIBITOR LY374571 | ||||||
要素 | METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE / CYCLOHYDROLASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / HYDROLASE / TETRAHYDROFOLATE / DEHYDROGENASE / CYCLOHYDROLASE / NADP / INHIBITOR / ROSSMANN FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / serine family amino acid biosynthetic process / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / purine ribonucleotide biosynthetic process / serine family amino acid metabolic process / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / embryonic neurocranium morphogenesis ...methylenetetrahydrofolate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / serine family amino acid biosynthetic process / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / purine ribonucleotide biosynthetic process / serine family amino acid metabolic process / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / embryonic neurocranium morphogenesis / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / embryonic viscerocranium morphogenesis / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine metabolic process / somite development / Metabolism of folate and pterines / methionine biosynthetic process / transsulfuration / neutrophil homeostasis / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / neural tube closure / one-carbon metabolic process / heart development / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Schmidt, A. / Wu, H. / MacKenzie, R.E. / Chen, V.J. / Bewly, J.R. / Ray, J.E. / Toth, J.E. / Cygler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Structures of three inhibitor complexes provide insight into the reaction mechanism of the human methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase. 著者: Schmidt, A. / Wu, H. / MacKenzie, R.E. / Chen, V.J. / Bewly, J.R. / Ray, J.E. / Toth, J.E. / Cygler, M. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: The 3-D Structure of a Folate-Dependent Dehydrogenase/Cyclohydrolase Bifunctional Enzyme at 1.5 A Resolution 著者: Allaire, M. / Li, Y. / MacKenzie, R.E. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dig.cif.gz | 127 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dig.ent.gz | 98.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dig.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dig_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dig_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1dig_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dig_validation.cif.gz | 35.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1dig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1dig | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | DC301 forms dimers, the two monomers (chains A and B) being related by a noncrystallographic twofold axis in the crystal structure. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33338.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P11586, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-L37 / [[ | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PEG 3350, GLYCEROL, SODIUM CITRATE, AMMONIUM ACETATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: protein/inhibitor ratio is 1:10 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 29810 / Num. obs: 29810 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.23 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / % possible all: 98.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 29628 / 冗長度: 5 % / Num. measured all: 238477 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 26225 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |