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万見
- PDB-1dap: C. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dap
タイトルC. GLUTAMICUM DAP DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH NADP+
要素DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / D-AMINO ACID DEHYDROGENASE (D-アルギニンデヒドロゲナーゼ) / LYSINE BIOSYNTHESIS (リシン) / ASYMMETRIC DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


ジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-NDP / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Scapin, G. / Reddy, S.G. / Blanchard, J.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Three-dimensional structure of meso-diaminopimelic acid dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum.
著者: Scapin, G. / Reddy, S.G. / Blanchard, J.S.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Expression, Purification, and Crystallization of Meso-Diaminopimelate Dehydrogenase from Corynebacterium Glutamicum
著者: Reddy, S.G. / Scapin, G. / Blanchard, J.S.
履歴
登録1996年7月8日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE
B: DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0946
ポリマ－70,4852
非ポリマー1,6094
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.900, 65.800, 84.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.494648, 0.102783, -0.862994), (0.105069, -0.992771, -0.058017), (-0.862719, -0.061976, -0.501872)19.8901, 83.1039, 44.27
2given(0.494648, 0.102783, -0.862994), (0.105069, -0.992771, -0.058017), (-0.862719, -0.061976, -0.501872)19.8901, 83.1039, 44.27

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要素

#1: タンパク質 DIAMINOPIMELIC ACID DEHYDROGENASE / DAPDH


分子量: 35242.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: KY 10755 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: DAPDH / プラスミド: PET23A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): DAPDH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P04964, ジアミノピメリン酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 13-17% PEG 8000 IN 100 MM NA-CACODYLATE, PH 6.5, 150-300 MM MG-ACETATE CRYSTAL
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reddy, S.G., (1996) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 25, 514.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlDapDH1drop
220 mMHEPES1drop
31.5-2.0 MNADP+1drop
413-17 %PEG80001drop
5100 mMsodium cacodylate1drop
6150-300 mM1dropMg(OAc)2
713-17 %PEG80001reservoir
8100 mMsodium cacodylate1reservoir
9150-300 mM1reservoirMg(OAc)2

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年9月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 36359 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 64.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 135992 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64.8 % / Num. unique obs: 4374 / Num. measured obs: 11329 / Rmerge(I) obs: 0.221

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
TNT精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.17 --
obs-36150 86 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4927 0 104 183 5214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.765
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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