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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d3h | ||||||
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タイトル | HUMAN DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH ANTIPROLIFERATIVE AGENT A771726 | ||||||
要素 | DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA BARREL / MEMBRANE BINDING MOTIF | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, S. / Neidhardt, E.A. / Grossman, T.H. / Ocain, T. / Clardy, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: Structures of human dihydroorotate dehydrogenase in complex with antiproliferative agents. 著者: Liu, S. / Neidhardt, E.A. / Grossman, T.H. / Ocain, T. / Clardy, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d3h.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d3h.ent.gz | 69.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d3h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d3h_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d3h_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1d3h_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d3h_validation.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/1d3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/1d3h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39856.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET19B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02127, EC: 1.3.3.1 |
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-非ポリマー , 6種, 303分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 化合物 | ChemComp-A26 / ( |
#5: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#6: 化合物 | ChemComp-ORO / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.19 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: ammonium sulphate, acetate buffer, glycerol, DDAO, C11DAO, A771726, orotate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9134 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9134 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→23.5 Å / Num. all: 55112 / Num. obs: 54515 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Num. unique all: 7943 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99 % / Num. measured all: 264642 / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.204 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted least squares procedure.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.87 Å2 / ksol: 0.428 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.207 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.176 / Rfactor obs: 0.176 |