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- PDB-1cs3: STRUCTURE OF BTB/POZ TRANSCRIPTION REPRESSION DOMAIN FROM PROMELO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cs3
タイトルSTRUCTURE OF BTB/POZ TRANSCRIPTION REPRESSION DOMAIN FROM PROMELOCYTIC LEUKEMIA ZINC FINGER ONCOPROTEIN
要素ZINC FINGER PROTEIN PLZF
キーワードTRANSCRIPTION / BTB/POZ / PLZF / TRANSCRIPTION REPRESSION / ONCOPROTEIN / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


male germ-line stem cell asymmetric division / type 2 angiotensin receptor binding / forelimb morphogenesis / positive regulation of cartilage development / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesonephros development / positive regulation of NK T cell differentiation / embryonic pattern specification / myeloid cell differentiation ...male germ-line stem cell asymmetric division / type 2 angiotensin receptor binding / forelimb morphogenesis / positive regulation of cartilage development / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesonephros development / positive regulation of NK T cell differentiation / embryonic pattern specification / myeloid cell differentiation / positive regulation of ossification / embryonic hindlimb morphogenesis / cartilage development / ossification involved in bone maturation / anterior/posterior pattern specification / embryonic digit morphogenesis / positive regulation of fat cell differentiation / hemopoiesis / protein localization to nucleus / male germ cell nucleus / transcription repressor complex / transcription corepressor binding / central nervous system development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / PML body / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / nuclear body / protein ubiquitination / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, X. / Rauscher III, F.J. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 1999
タイトル: Structure-function studies of the BTB/POZ transcriptional repression domain from the promyelocytic leukemia zinc finger oncoprotein.
著者: Li, X. / Peng, H. / Schultz, D.C. / Lopez-Guisa, J.M. / Rauscher III, F.J. / Marmorstein, R.
履歴
登録1999年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZINC FINGER PROTEIN PLZF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4413
ポリマ－13,3241
非ポリマー1162
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ZINC FINGER PROTEIN PLZF
ヘテロ分子

A: ZINC FINGER PROTEIN PLZF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8816
ポリマ－26,6492
非ポリマー2334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.800, 78.200, 85.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1007-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ZINC FINGER PROTEIN PLZF / PROMYELOCYTIC LEUKEMIA ZINC FINGER PROTEIN


分子量: 13324.340 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB/POZ / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PQE-30 T5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05516
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: VAPOR DIFFUSION BY 8% ISOPROPANOL, 600mM MAGNESIUM CHLORIDE, 50mM HEPES 7.5 and 50mM TRIS 8.5, pH 8.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: reservoir contains two times the concentration of salts, buffer, and precipitating agent
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
28 %isopropanol1drop
3600 mM1dropMgCl2
450 mMTris-HCl1drop
550 mMHEPES1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9879,0.9795,0.9791, 0.9667
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98791
20.97951
30.97911
40.96671
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 8790 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 24 / % possible all: 95
反射
*PLUS
Num. measured all: 115110
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 844 10 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 8749 96 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.682 Å20 Å20 Å2
2--7.487 Å20 Å2
3----6.936 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数931 0 7 61 999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.09
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 89 10 %
Rwork0.336 708 -
obs--70.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1GOL.PARGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION2MG.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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