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万見
- PDB-5aj1: Solution Structure of the Smarc Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aj1
タイトルSolution Structure of the Smarc Domain
要素SWI/SNF-RELATED MATRIX-ASSOCIATED ACTIN-DEPENDENT REGULATOR OF CHROMATIN SUBFAMILY B MEMBER 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / blastocyst hatching / Tat protein binding / regulation of G0 to G1 transition ...single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / blastocyst hatching / Tat protein binding / regulation of G0 to G1 transition / hepatocyte differentiation / XY body / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / positive regulation by host of viral transcription / nucleosome disassembly / germ cell nucleus / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / positive regulation of cell differentiation / kinetochore / DNA integration / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / fibrillar center / p53 binding / nervous system development / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / CNS
データ登録者Allen, M.D. / Freund, S.M.V. / Zinzalla, G. / Bycroft, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The Swi/Snf Subunit Ini1 Contains an N-Terminal Winged Helix DNA Binding Domain that is a Target for Mutations in Schwannomatosis.
著者: Allen, M.D. / Freund, S.M.V. / Zinzalla, G. / Bycroft, M.
履歴
登録2015年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Atomic model
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF-RELATED MATRIX-ASSOCIATED ACTIN-DEPENDENT REGULATOR OF CHROMATIN SUBFAMILY B MEMBER 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9961
ポリマ－12,9961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20NO VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 SWI/SNF-RELATED MATRIX-ASSOCIATED ACTIN-DEPENDENT REGULATOR OF CHROMATIN SUBFAMILY B MEMBER 1 / BRG1-ASSOCIATED FACTOR 47 / BAF47 / INTEGRASE INTERACTOR 1 PROTEIN / SNF5 HOMOLOG / HSNF5 / SMARC B1 DOMAIN


分子量: 12995.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GGS AT THE N-TERMINUS RESULTS FROM A TEV CLEAVAGE SITE.
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q12824
配列の詳細GGS AT THE N-TERMINUS RESULTS FROM A TEV PROTEASE CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
141HSQC
151HN(CA)CB
161CBCA(CO)NH
171HNCO
181HN(CA)CO
191HNHB
NMR実験の詳細Text: THE DOMAIN WAS ASSIGNED USING 13C, 15N-LABELED PROTEIN AND THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING UNLABELLED PROTEIN.

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試料調製

詳細内容: 95% WATER/5% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 293.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE, JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON, WARREN精密化
ANSIG構造決定
CNS構造決定
精密化手法: CNS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO VIOLATIONS / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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