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- PDB-6guw: BTB domain of zebrafish PATZ1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6guw
タイトルBTB domain of zebrafish PATZ1
要素POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1
キーワードTRANSCRIPTION / Patz1 / BTB / zebrafish
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immune system process / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative zinc-finger between two C2H2 zinc-fingers on Patz / C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger ...Putative zinc-finger between two C2H2 zinc-fingers on Patz / C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
POZ-, AT hook-, and zinc finger-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Alt, A. / Piepoli, S. / Erman, B. / Mancini, E.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal SocietyNI140172 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the PATZ1 BTB domain homodimer
著者: Piepoli, S. / Alt, A. / Atilgan, C. / Mancini, E.J. / Erman, B.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6971
ポリマ－17,6971
非ポリマー00
水95553
1
A: POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1

A: POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3942
ポリマ－35,3942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.080, 43.080, 123.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-228-

HOH

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要素

#1: タンパク質 POZ (BTB) and AT hook-containing zinc finger 1 / BTB domain


分子量: 17697.139 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB domain, UNP residues 1-135 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: patz1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X1WGP9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000; 0.1M Tris pH 8.5; 0.06M Magnesium chloride hexahydrate; 0.06 M Calcium chloride dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.22 Å / Num. obs: 12786 / % possible obs: 98.41 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.06 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01302 / Rpim(I) all: 0.01302 / Net I/σ(I): 19.96
反射 シェル解像度: 1.8→1.865 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4871 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1120 / Χ2: 0.626 / % possible all: 87.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BUO

1buo


解像度: 1.8→41.213 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 571 4.47 %
Rwork0.2152 --
obs0.2156 12785 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数940 0 0 53 993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9651297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.116816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8002-1.98140.31051240.29612844X-RAY DIFFRACTION94
1.9814-2.26810.26571230.24043073X-RAY DIFFRACTION100
2.2681-2.85740.2581610.24113061X-RAY DIFFRACTION100
2.8574-41.22410.20091630.19623236X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.5356-4.3964-5.35815.84471.47615.95930.31990.09811.84140.40911.2622-2.4743-0.33112.6399-0.38320.4477-0.15760.07881.0233-0.32860.776633.246529.2125-9.2815
28.44231.1463-0.74147.73984.62645.50420.02621.13050.1528-0.3381-0.16240.401-0.2555-0.85130.15570.23850.08440.01150.4378-0.01880.21419.469626.7869-4.7344
32.67852.5872-0.9934.52822.60346.6219-0.10410.83770.0584-0.6989-0.31271.50590.0358-2.97140.66190.3245-0.23730.11370.9467-0.11270.6267-5.273221.67677.2321
43.958-2.60940.65833.51880.42131.7425-0.90490.3003-0.44641.274-0.29090.95220.8323-1.9414-0.41060.1041-0.02660.14190.6309-0.13840.31614.686722.94365.5166
53.47671.1893-1.38468.05931.09358.9718-0.465-0.121-1.15650.0411-0.3009-1.24491.03330.74411.06880.74050.08930.18810.41250.02040.42998.955618.622713.815
67.01830.2719-3.39275.94861.976.9913-0.17860.3003-0.63920.3657-0.29940.63020.5549-1.20550.23710.3077-0.00280.03210.5632-0.06170.41160.333126.39879.211
78.8112-0.4274-5.87256.71572.87556.34530.12860.51610.4440.58560.09930.3427-0.2297-0.8634-0.16680.37140.10540.03690.43320.02650.26262.745336.051515.3098
85.2817-3.9938-3.11035.0244.02424.17860.4525-0.21550.83970.3468-0.1586-2.2563-0.09561.1899-0.50580.51530.0241-0.00850.47720.01890.517810.533238.505718.0413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 46 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 47 through 60 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 61 through 68 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 69 through 99 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 100 through 119 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 120 through 135 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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