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- PDB-5m9o: Crystal structure of human SND1 extended Tudor domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m9o
タイトルCrystal structure of human SND1 extended Tudor domain in complex with a symmetrically dimethylated E2F peptide
要素
  • E2F peptide
  • Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional coactivator / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


RNAi effector complex / negative regulation of fat cell proliferation / Rb-E2F complex / lens fiber cell apoptotic process / regulation of cell cycle process / miRNA catabolic process / RISC complex binding / negative regulation of DNA binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / nuclease activity ...RNAi effector complex / negative regulation of fat cell proliferation / Rb-E2F complex / lens fiber cell apoptotic process / regulation of cell cycle process / miRNA catabolic process / RISC complex binding / negative regulation of DNA binding / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / nuclease activity / dense body / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to fatty acid / mRNA stabilization / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / : / micrococcal nuclease / anoikis / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA-binding transcription activator activity / nuclear chromosome / negative regulation of fat cell differentiation / G2 Phase / G1/S-Specific Transcription / forebrain development / Transcriptional Regulation by E2F6 / mRNA catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of glial cell proliferation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA endonuclease activity / DNA damage checkpoint signaling / transcription coregulator activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to xenobiotic stimulus / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / sequence-specific double-stranded DNA binding / Cyclin D associated events in G1 / osteoblast differentiation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / endonuclease activity / spermatogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / centrosome / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / : / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Tudor domain ...RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / : / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor E2F1 / Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Tallant, C. / Savitsky, P. / Moehlenbrink, J. / Chan, C. / Nunez-Alonso, G. / Siejka, P. / Sorrell, F.J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Tallant, C. / Savitsky, P. / Moehlenbrink, J. / Chan, C. / Nunez-Alonso, G. / Siejka, P. / Sorrell, F.J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Fedorov, O. / La Thangue, N.B. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human SND1 extended Tudor domain in complex with a symmetrically dimethylated E2F peptide
著者: Tallant, C. / Savitsky, P. / Moehlenbrink, J. / Chan, C. / Nunez-Alonso, G. / Siejka, P. / Sorrell, F.J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Fedorov, O. / La ...著者: Tallant, C. / Savitsky, P. / Moehlenbrink, J. / Chan, C. / Nunez-Alonso, G. / Siejka, P. / Sorrell, F.J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Fedorov, O. / La Thangue, N.B. / Knapp, S.
履歴
登録2016年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Derived calculations
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
B: E2F peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3912
ポリマ－26,3912
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.243, 80.626, 39.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1 / 100 kDa coactivator / EBNA2 coactivator p100 / Tudor domain-containing protein 11 / p100 co-activator


分子量: 25369.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SND1, TDRD11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7KZF4
#2: タンパク質・ペプチド E2F peptide


分子量: 1021.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01094*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10 % PEG 1000, 10% PEG 8000 / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→28.14 Å / Num. obs: 38367 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 69.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OMC

3omc


解像度: 1.45→28.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.615 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 1920 5 %RANDOM
Rwork0.22892 ---
obs0.23039 36421 95.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.625 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å2-0 Å2-0.42 Å2
2---0.05 Å2-0 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→28.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 0 166 1918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5391.9592431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95933889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4395220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.34423.97788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27615291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.251513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3642.043880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3652.039879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1963.0521097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1953.0561098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6342.199913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6332.203914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6283.2321334
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.75916.8732068
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.59616.5932009
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.449→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 124 -
Rwork0.303 1970 -
obs--71.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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