ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | | 精密化 | DENZO | | データ削減 | CCP4 | (AGROVATAデータスケーリング | ROTAVATA | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 解像度: 1.5→12.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1371216.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.188 | 2350 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.176 | - | - | - |
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obs | 0.176 | 46900 | 91.9 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.31 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.17 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.48 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.16 Å | 0.14 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.09 Å | 0.08 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→12.9 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2358 | 0 | 2 | 394 | 2754 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.91 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.14 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it0.25 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it0.07 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it0.13 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.207 | 383 | 5.4 % |
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Rwork | 0.188 | 6694 | - |
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obs | - | - | 84.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.175 / Rfactor Rfree: 0.187 / Rfactor Rwork: 0.175 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.91 | | | | | |
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