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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ceq | ||||||
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タイトル | CHLOROQUINE BINDS IN THE COFACTOR BINDING SITE OF PLASMODIUM FALCIPARUM LACTATE DEHYDROGENASE. | ||||||
要素 | PROTEIN (L-LACTATE DEHYDROGENASE) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE (クエン酸回路) / INHIBITOR (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Read, J.A. / Wilkinson, K.W. / Tranter, R. / Sessions, R.B. / Brady, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Chloroquine binds in the cofactor binding site of Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase. 著者: Read, J.A. / Wilkinson, K.W. / Tranter, R. / Sessions, R.B. / Brady, R.L. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: The Structure of Lactate Dehydrogenase from Plasmodium Falciparum Reveals a New Target for Anti-Malarial Design 著者: Dunn, C.R. / Banfield, M.J. / Barker, J.J. / Higham, C.W. / Moreton, K.M. / Turgut-Balik, D. / Brady, R.L. / Holbrook, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ceq.cif.gz | 73.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ceq.ent.gz | 53.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ceq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/1ceq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/1ceq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34164.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27743, 乳酸脱水素酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 19381 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LDG 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 19369 / Num. reflection obs: 18800 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |