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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bdg | ||||||
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タイトル | HEXOKINASE FROM SCHISTOSOMA MANSONI COMPLEXED WITH GLUCOSE | ||||||
要素 | HEXOKINASE | ||||||
キーワード | HEXOKINASE / PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hexose metabolic process / hexokinase activity / hexokinase / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Mulichak, A.M. / Garavito, R.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: The structure of mammalian hexokinase-1. 著者: Mulichak, A.M. / Wilson, J.E. / Padmanabhan, K. / Garavito, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bdg.cif.gz | 94.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bdg.ent.gz | 74.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bdg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bdg_validation.pdf.gz | 446.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bdg_full_validation.pdf.gz | 456.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bdg_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bdg_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bdg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50510.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 器官: BLOOD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q26609, hexokinase | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-GLC / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUE NUMBERING IS BASED ON MAMMALIAN HEXOKINASE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 153 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: MSC FOCUSSING MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 19765 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 38 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 113216 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HKG AND YHK PI MUTANT P152K COMPLEX WITH GLC PROVIDED BY H. BARTUNIK 解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 7
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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