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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ai4 | ||||||
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タイトル | PENICILLIN ACYLASE COMPLEXED WITH 3,4-DIHYDROXYPHENYLACETIC ACID | ||||||
要素 | (PENICILLIN AMIDOHYDROLASEペニシリンアミダーゼ) x 2 | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) / LIGAND INDUCED CONFORMATIONAL CHANGE / HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ペニシリンアミダーゼ / penicillin amidase activity / antibiotic biosynthetic process / ペリプラズム / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS WITH NATIVE STRUCTURE / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Done, S.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Ligand-induced conformational change in penicillin acylase. 著者: Done, S.H. / Brannigan, J.A. / Moody, P.C.E. / Hubbard, R.E. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: Penicillin Acylase Has a Single-Amino-Acid Catalytic Centre 著者: Duggleby, H.J. / Tolley, S.P. / Hill, C.P. / Dodson, E.J. / Dodson, G. / Moody, P.C. #3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1990 タイトル: Expression, Purification and Crystallization of Penicillin G Acylase from Escherichia Coli Atcc 11105 著者: Hunt, P.D. / Tolley, S.P. / Ward, R.J. / Hill, C.P. / Dodson, G.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ai4.cif.gz | 177.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ai4.ent.gz | 137.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ai4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1ai4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1ai4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23838.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06875, ペニシリンアミダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 62428.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06875, ペニシリンアミダーゼ |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-DHY / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: streak seeded / pH: 7.2 詳細: CRYSTALLISED FROM 10% PEG 8000, 50MM MOPS, PH 7.2, STREAK SEEDED. SOAKED IN 10MM 3,4-DIHYDROXYPHENYLACETIC ACID., streak seeded | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→19.85 Å / Num. obs: 33691 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.47 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 97.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 67109 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH NATIVE STRUCTURE / 解像度: 2.35→19.85 Å / 交差検証法: FREE_R / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.85 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 33691 / Rfactor all: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |