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万見
- PDB-1a8u: CHLOROPEROXIDASE T/BENZOATE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a8u
タイトルCHLOROPEROXIDASE T/BENZOATE COMPLEX
要素CHLOROPEROXIDASE T
キーワードHALOPEROXIDASE / OXIDOREDUCTASE / BENZOATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Non-heme chloroperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hofmann, B. / Toelzer, S. / Pelletier, I. / Altenbuchner, J. / Van Pee, K.-H. / Hecht, H.-J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structural investigation of the cofactor-free chloroperoxidases.
著者: Hofmann, B. / Tolzer, S. / Pelletier, I. / Altenbuchner, J. / van Pee, K.H. / Hecht, H.J.
履歴
登録1998年3月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHLOROPEROXIDASE T
B: CHLOROPEROXIDASE T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2239
ポリマ－60,4992
非ポリマー7257
水12,088671
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.870, 124.870, 124.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.337597, -0.723701, -0.601901), (0.721281, 0.609746, -0.328578), (0.604799, -0.323213, 0.72784)
ベクター: 74.698, 49.798, -12.766)

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要素

#1: タンパク質 CHLOROPEROXIDASE T / BROMOPEROXIDASE T


分子量: 30249.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH BENZOIC ACID
由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
株: TUE24 / 遺伝子: CPOT / プラスミド: PIJ486 / 遺伝子 (発現宿主): CPOT / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 株 (発現宿主): TK64 / 参照: UniProt: O31168, chloride peroxidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化pH: 7.8
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE PH 7.8., SMALL AMOUNTS OF SOLID SODIUM BENZOATE
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.8 Mammonium sulfate1reservoir
250 mMTris-HCl1reservoir
410 mMpotassium bromide1reservoir
3sodium benzoate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→28 Å / Num. obs: 84499 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 13.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 97.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A7U

1a7u


解像度: 1.6→90 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 4229 5 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.149 84499 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.25 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→90 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4290 0 25 671 4986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.072
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.573
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.423
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0220.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1310.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1690.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.0930.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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