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万見
- PDB-1a6k: AQUOMET-MYOGLOBIN, ATOMIC RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a6k
タイトルAQUOMET-MYOGLOBIN, ATOMIC RESOLUTION
要素MYOGLOBINミオグロビン
キーワードHEME PROTEIN / MODEL COMPOUNDS / OXYGEN STORAGE / LIGAND BINDING GEOMETRY / CONFORMATIONAL SUBSTATES
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ミオグロビン / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ミオグロビン
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Vojtechovsky, J. / Berendzen, J. / Chu, K. / Schlichting, I. / Sweet, R.M.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of myoglobin-ligand complexes at near-atomic resolution.
著者: Vojtechovsky, J. / Chu, K. / Berendzen, J. / Sweet, R.M. / Schlichting, I.
履歴
登録1998年2月26日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9545
ポリマ－17,0501
非ポリマー9054
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.900, 30.730, 34.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN / ミオグロビン


分子量: 17049.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
250 mg/mlmyoglobin11
350 mMpotassium phosphate11
1ammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1997年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 51794 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.1→1.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 97
反射
*PLUS
Num. measured all: 302654 / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.295

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MBC

1mbc


解像度: 1.1→8 Å / Num. parameters: 14244 / Num. restraintsaints: 18493 / 交差検証法: FREE R-VALUE
StereochEM target val spec case: HEME - PARAMETERS BASED ON CSD
立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: NO GEOMETRIC RESTRAINTS APPLIED TO IRON AND THE PLANAR ATOMS OF THE HEME. BAYESIAN DIFFERENCE REFINEMENT WAS USED AT THE FINAL STEP. SEE TERWILLIGER AND BERENDZEN, ACTA CRYST. D52:1004-1011. ...詳細: NO GEOMETRIC RESTRAINTS APPLIED TO IRON AND THE PLANAR ATOMS OF THE HEME. BAYESIAN DIFFERENCE REFINEMENT WAS USED AT THE FINAL STEP. SEE TERWILLIGER AND BERENDZEN, ACTA CRYST. D52:1004-1011. (1996). THE SOLVENT MOLECULES 81, 129, 130, 139 AND 151 CAN BE MODELED ONLY FOR ONE ALTERNATIVE PROTEIN CONFORMATION. SULFATE NEAR DISTAL HISTIDINE MODELED AS A DISORDERED MOLECULE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1525 2541 5 %
all0.1323 51286 -
obs0.1312 -98 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 26 / Occupancy sum hydrogen: 1263 / Occupancy sum non hydrogen: 1420
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1324 0 53 185 1562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.098
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.127
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.071

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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