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万見
- PDB-1a69: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE IN COMPLEX WITH FORMYCIN B AND SU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a69
タイトルPURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE IN COMPLEX WITH FORMYCIN B AND SULPHATE (PHOSPHATE)
要素PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
キーワードGLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / TRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside interconversion / guanosine phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / DNA damage response / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMYCIN B / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koellner, G. / Luic, M. / Shugar, D. / Saenger, W. / Bzowska, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of E. coli purine nucleoside phosphorylase with formycin B, a structural analogue of the substrate inosine, and phosphate (Sulphate) at 2.1 A resolution.
著者: Koellner, G. / Luic, M. / Shugar, D. / Saenger, W. / Bzowska, A.
履歴
登録1998年3月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
B: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
C: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6459
ポリマ－77,5523
非ポリマー1,0936
水6,774376
1
A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
B: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
C: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
B: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
C: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,29018
ポリマ－155,1046
非ポリマー2,18612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area26110 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area42930 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.110, 123.110, 241.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-241-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE /


分子量: 25850.748 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABP8, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMB / FORMYCIN B / ホルマイシンB


分子量: 268.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 5.3
詳細: 28-35% AMMONIUM SULPHATE, 50 MM CITRATE BUFFER, PH 5.2-5.4, pH 5.3
PH範囲: 5.2-5.4
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Cook, W.J., (1985) J. Biol. Chem., 260, 12968.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
215 %satammonium sulfate1drop
30.025 Mcitrate1drop
430 %satammonium sulfate1reservoir
50.05 Mcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 281 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 668538 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rsym value: 0.297 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. obs: 72585 / Num. measured all: 668538 / Rmerge(I) obs: 0.137
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.297

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ECP

1ecp


解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
obs0.196 72585 98.3 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 207 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5298 0 72 376 5746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.005108471
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.301146092
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d24.56572
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0021617100
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.002100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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