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- PDB-1a5x: ASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a5x
タイトルASV INTEGRASE CORE DOMAIN WITH HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR Y3
要素INTEGRASEインテグラーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / HIV-1 INTEGRASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / リボヌクレアーゼH / virion component / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain ...Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y3 / Gag-Pol polyprotein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Yang, F. / Alexandratos, J. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
著者: Lubkowski, J. / Yang, F. / Alexandratos, J. / Wlodawer, A. / Zhao, H. / Burke Jr., T.R. / Neamati, N. / Pommier, Y. / Merkel, G. / Skalka, A.M.
履歴
登録1998年2月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7602
ポリマ－17,3991
非ポリマー3611
水3,045169
1
A: INTEGRASE
ヘテロ分子

A: INTEGRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5214
ポリマ－34,7982
非ポリマー7232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)66.443, 66.443, 81.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細THE AUTHOR MAINTAINS THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS NOT YET KNOWN. THE MINIMUM MULTIMER IS BELIEVED TO CONTAIN AT LEAST THE DIMER GENERATED BT THE TRANSFORMATION IN REMARK 350, SHOWN IN BOTH HIV-1 AND ASV INTEGRASE CORE DOMAIN STRUCTURES.

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要素

#1: タンパク質 INTEGRASE / インテグラーゼ


分子量: 17398.922 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P03354 FRAGMENT OF POLYPROTEIN POL-RSVP
由来: (組換発現) Rous sarcoma virus (strain Schmidt-Ruppin) (ラウス肉腫ウイルス)
属: Alpharetrovirusアルファレトロウイルス属 / 生物種: Rous sarcoma virusラウス肉腫ウイルス / 株: Schmidt-Ruppin / 解説: SEE JRNL REFERENCE / プラスミド: PRC23IN(52-207) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03354, UniProt: O92956*PLUS, 逆転写酵素
#2: 化合物 ChemComp-Y3 / 4-ACETYLAMINO-5-HYDROXYNAPHTHALENE-2,7-DISULFONIC ACID / 4-(アセチルアミノ)-5-ヒドロキシナフタレン-2,7-ジスルホン酸


分子量: 361.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO8S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE APPARENT DISCREPANCY BETWEEN THE SEQUENCE PRESENTED HERE AND THE "POL_RSVP" SEQUENCE IS A ...THE APPARENT DISCREPANCY BETWEEN THE SEQUENCE PRESENTED HERE AND THE "POL_RSVP" SEQUENCE IS A RESULT OF VIRAL STRAIN VARIATION. THE STRAIN USED FOR THIS WORK, "ROUS SARCOMA VIRUS SCHMIDT-RUPPIN B", COMPARED TO "POL-RSVP" SEQUENCE DIFFERS AT TWO POSITIONS WITH THE CONSERVATIVE AMINO ACID RESIDUE DIFFERENCES NOTED (VAL -> ALA 101 AND ARG -> LYS 166).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1M HEPES, PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16-7.5 mg/mlprotein1drop
2100 mMHEPES1reservoir
310 %isopropanol1reservoir
50.1 Minhibitor1drop
4PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 14942 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.72 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rsym value: 0.373 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 115637 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.373

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ASV

1asv


解像度: 1.9→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2
詳細: ATOMIC OCCUPANCIES OF DISORDERED ATOMS ARE SET TO 0.00 IN THE COORDINATES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1351 10 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.155 13681 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1130 0 23 169 1322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.67
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.37
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.99
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 163 10 %
Rwork0.2112 1326 -
obs--83.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX_FY.PROTOPHCSDX_FY.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_SIMPLE.INHIBITORTOPH_SIMPLE.INHIBITOR
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLVTOPH19.SOLV
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.37
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.99
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.2112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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