+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 16gs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE P1-1 APO FORM 3 | ||||||
要素 | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / APOENZYME / DETOXIFICATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / Paracetamol ADME / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of MAPK cascade / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / hepoxilin biosynthetic process / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / linoleic acid metabolic process / negative regulation of MAP kinase activity / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / central nervous system development / fatty acid binding / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Oakley, A.J. / Lo Bello, M. / Ricci, G. / Federici, G. / Parker, M.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Evidence for an induced-fit mechanism operating in pi class glutathione transferases. 著者: Oakley, A.J. / Lo Bello, M. / Ricci, G. / Federici, G. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 16gs.cif.gz | 98.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb16gs.ent.gz | 75.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 16gs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 16gs_validation.pdf.gz | 458.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 16gs_full_validation.pdf.gz | 467.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 16gs_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 16gs_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/6g/16gs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/6g/16gs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.939833, 0.129827, 0.316003), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23377.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOSOL / 遺伝子: GSTP1 / 遺伝子 (発現宿主): GSTP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09211, glutathione transferase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月25日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→14 Å / Num. obs: 96823 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 91.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 31323 / Num. measured all: 96823 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.5 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5GSS 解像度: 1.9→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 32594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|