English [日本語]
- EMDB-9756: Empty particle structure of heated mud crab dicistrovirus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 9756
タイトルEmpty particle structure of heated mud crab dicistrovirus
マップデータ
試料Mud crab dicistrovirus:
virusウイルス
由来Mud crab dicistrovirus (ウイルス)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 7.4Å分解能
データ登録者Zhang Q / Gao Y
引用ジャーナル: J. Virol. / : 2019
タイトル: Cryo-EM structures of novel viruses from mud crab with multiple infections.
著者: Yuanzhu Gao / Shanshan Liu / Jiamiao Huang / Qianqian Wang / Kunpeng Li / Jian He / Jianguo He / Shaoping Weng / Qinfen Zhang
要旨: Viruses associated with sleeping disease (SD) in crabs cause great economic losses to aquaculture, and no effective measures are available for their prevention. Herein, to help develop novel ...Viruses associated with sleeping disease (SD) in crabs cause great economic losses to aquaculture, and no effective measures are available for their prevention. Herein, to help develop novel antiviral strategies, single-particle cryo-electron microscopy was applied to investigate viruses associated with SD. The results not only revealed the structure of mud crab dicistrovirus (MCDV), but also identified a novel mud crab tombus-like virus (MCTV) not previously detected using molecular biology methods. The structure of MCDV at 3.5 Å resolution reveals three major capsid proteins (VP1-3) organized into a pseudo-T3 icosahedral capsid, and affirms the existence of VP4. Unusually, MCDV VP3 contains a long C-terminal region and forms a novel protrusion that has not been observed in other dicistrovirus. Our results also reveal that MCDV can release its genome via conformation changes of the protrusions when viral mixtures are heated. The structure of MCTV at 3.3 Å resolution reveals a T=3 icosahedral capsid with common features of both tombusviruses and nodaviruses. Furthermore, MCTV has a novel hydrophobic tunnel beneath the 5-fold vertex and 30 dimeric protrusions composed of the P-domains of the capsid protein at the 2-fold axes that are exposed on the virion surface. The structural features of MCTV are consistent with a novel type of virus.Pathogen identification is vital for unknown infectious outbreaks, especially for dual or multiple infections. Sleeping disease (SD) in crabs causes great economic losses to aquaculture worldwide. Herein, we report the discovery and identification of a novel virus in mud crabs with multiple infections that was not previously detected by molecular, immune, or traditional electron microscopy (EM) methods. High resolution structures of pathogenic viruses are essential for a molecular understanding and developing new disease prevention methods. The 3D structure of the mud crab tombus-like virus (MCTV) and mud crab dicistrovirus (MCDV) determined herein could assist the development of antiviral inhibitors. The identification of a novel virus in multiple infections previously missed using other methods demonstrates the usefulness of this strategy for investigating multiple infectious outbreaks, even in humans and other animals.
日付登録: 2018年12月19日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2019年1月16日 / マップ公開: 2019年1月16日 / 最新の更新: 2019年2月6日

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップデータ

ファイルemd_9756.map.gz (map file in CCP4 format, 256001 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
400 pix
1.09 Å/pix.
= 436. Å
400 pix
1.09 Å/pix.
= 436. Å
400 pix
1.09 Å/pix.
= 436. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面のレベル:3.0 (by author), 3 (ムービー #1)
最小 - 最大-5.7333813 - 9.289307000000001
平均 (標準偏差)0.031776555 (0.9529075)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions400400400
Origin-200.0-200.0-200.0
Limit199.0199.0199.0
Spacing400400400
セルA=B=C: 436.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z436.000436.000436.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-6-10-25
NX/NY/NZ564636
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-5.7339.2890.032

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 Mud crab dicistrovirus

全体名称: Mud crab dicistrovirus / 構成要素数: 1

-
構成要素 #1: ウイルス, Mud crab dicistrovirus

ウイルス名称: Mud crab dicistrovirus / クラス: VIRION / 中空か: Yes / エンベロープを持つか: No / 単離: SPECIES
生物種生物種: Mud crab dicistrovirus (ウイルス)

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 温度: 293 K / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 2 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 100000.0 X (公称値) / Cs: 1.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: K ( 95.0 - 100.0 K)
カメラディテクター: FEI EAGLE (4k x 4k)

-
画像取得

画像取得サンプリングサイズ: 15 microns

-
画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: I (正20面体型対称) / 投影像の数: 3914
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 分解能: 7.4 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

+
万見について

-
お知らせ

-
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る