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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9298 | |||||||||
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タイトル | Human TFIID BC core | |||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription (転写 (生物学)) / DNA (デオキシリボ核酸) / Nuclear | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / SLIK (SAGA-like) complex / positive regulation of response to cytokine stimulus / hepatocyte differentiation / maintenance of protein location in nucleus ...SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / SLIK (SAGA-like) complex / positive regulation of response to cytokine stimulus / hepatocyte differentiation / maintenance of protein location in nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / RNA polymerase binding / limb development / 転写開始前複合体 / regulation of fat cell differentiation / response to L-glutamate / inner cell mass cell proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / regulation of RNA splicing / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / MLL1 complex / aryl hydrocarbon receptor binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cell cycle / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic placenta development / regulation of DNA repair / somitogenesis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / response to interleukin-1 / male germ cell nucleus / nuclear estrogen receptor binding / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / G1/S transition of mitotic cell cycle / multicellular organism growth / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to organic cyclic compound / G2/M transition of mitotic cell cycle / マイクロフィラメント / p53 binding / HATs acetylate histones / ATPase binding / DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / 細胞分化 / transcription coactivator activity / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / Ub-specific processing proteases / クロマチンリモデリング / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Patel AB / Louder RK | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of human TFIID and mechanism of TBP loading onto promoter DNA. 著者: Avinash B Patel / Robert K Louder / Basil J Greber / Sebastian Grünberg / Jie Luo / Jie Fang / Yutong Liu / Jeff Ranish / Steve Hahn / Eva Nogales / 要旨: The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and ...The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and initiating PIC assembly. We used cryo-electron microscopy, chemical cross-linking mass spectrometry, and biochemical reconstitution to determine the complete molecular architecture of TFIID and define the conformational landscape of TFIID in the process of TATA box-binding protein (TBP) loading onto promoter DNA. Our structural analysis revealed five structural states of TFIID in the presence of TFIIA and promoter DNA, showing that the initial binding of TFIID to the downstream promoter positions the upstream DNA and facilitates scanning of TBP for a TATA box and the subsequent engagement of the promoter. Our findings provide a mechanistic model for the specific loading of TBP by TFIID onto the promoter. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9298.map.gz | 56.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9298-v30.xml emd-9298.xml | 32.5 KB 32.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9298.png | 98.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9298.cif.gz | 9 KB | ||
その他 | emd_9298_half_map_1.map.gz emd_9298_half_map_2.map.gz | 71.1 MB 71.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9298 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9298 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6mzcMC 9299C 9300C 9301C 9302C 9305C 9306C 6mzdC 6mzlC 6mzmC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9298.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half-volume P1
ファイル | emd_9298_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-volume_P1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-volume P2
ファイル | emd_9298_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-volume_P2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : General transcription factor IID
+超分子 #1: General transcription factor IID
+分子 #1: Transcription initiation factor TFIID subunit 2
+分子 #2: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
+分子 #3: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
+分子 #4: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
+分子 #5: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
+分子 #6: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
+分子 #7: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
+分子 #8: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
+分子 #9: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
+分子 #10: poly(UNK)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | .2 mg/mL | ||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #0 - Film thickness: 25 / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.05 kPa / 詳細: Treated with PEI | ||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: BT 4s; BF 15N. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 266328 |