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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9103 | |||||||||
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タイトル | The D1 and D2 domain rings of NSF engaging the SNAP-25 N-terminus within the 20S supercomplex (focused refinement on D1/D2 rings, class 2) | |||||||||
マップデータ | The unsharpened map. | |||||||||
試料 |
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キーワード | SNARE / NSF / SNAP / ATPase / AAA / disassembly / synapse / membrane fusion / exocytosis / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 BLOC-1 complex / SNARE complex disassembly / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle ...BLOC-1 complex / SNARE complex disassembly / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / extrinsic component of presynaptic membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / presynaptic dense core vesicle exocytosis / ribbon synapse / regulation of establishment of protein localization / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / ATP-dependent protein disaggregase activity / SNARE complex / SNAP receptor activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / positive regulation of hormone secretion / neurotransmitter secretion / Golgi stack / neurotransmitter receptor internalization / vesicle-fusing ATPase / syntaxin-1 binding / SNARE complex assembly / Neutrophil degranulation / synaptic vesicle priming / endosomal transport / regulation of synapse assembly / myosin binding / positive regulation of receptor recycling / regulation of neuron projection development / exocytosis / voltage-gated potassium channel activity / synaptic vesicle exocytosis / associative learning / long-term memory / axonal growth cone / presynaptic active zone membrane / voltage-gated potassium channel complex / somatodendritic compartment / ionotropic glutamate receptor binding / photoreceptor inner segment / potassium ion transport / axonogenesis / SNARE binding / filopodium / locomotory behavior / PDZ domain binding / long-term synaptic potentiation / intracellular protein transport / trans-Golgi network / positive regulation of insulin secretion / terminal bouton / neuron differentiation / positive regulation of protein catabolic process / calcium-dependent protein binding / actin cytoskeleton / synaptic vesicle / lamellipodium / presynapse / presynaptic membrane / cell cortex / midbody / growth cone / transmembrane transporter binding / postsynapse / endosome / cytoskeleton / neuron projection / protein domain specific binding / axon / neuronal cell body / lipid binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | White KI / Zhao M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Structural principles of SNARE complex recognition by the AAA+ protein NSF. 著者: K Ian White / Minglei Zhao / Ucheor B Choi / Richard A Pfuetzner / Axel T Brunger / 要旨: The recycling of SNARE proteins following complex formation and membrane fusion is an essential process in eukaryotic trafficking. A highly conserved AAA+ protein, NSF (-ethylmaleimide sensitive ...The recycling of SNARE proteins following complex formation and membrane fusion is an essential process in eukaryotic trafficking. A highly conserved AAA+ protein, NSF (-ethylmaleimide sensitive factor) and an adaptor protein, SNAP (soluble NSF attachment protein), disassemble the SNARE complex. We report electron-cryomicroscopy structures of the complex of NSF, αSNAP, and the full-length soluble neuronal SNARE complex (composed of syntaxin-1A, synaptobrevin-2, SNAP-25A) in the presence of ATP under non-hydrolyzing conditions at ~3.9 Å resolution. These structures reveal electrostatic interactions by which two αSNAP molecules interface with a specific surface of the SNARE complex. This interaction positions the SNAREs such that the 15 N-terminal residues of SNAP-25A are loaded into the D1 ring pore of NSF via a spiral pattern of interactions between a conserved tyrosine NSF residue and SNAP-25A backbone atoms. This loading process likely precedes ATP hydrolysis. Subsequent ATP hydrolysis then drives complete disassembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9103.map.gz | 35.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9103-v30.xml emd-9103.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9103_fsc.xml | 8.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9103.png | 31.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9103.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_9103_additional.map.gz | 43.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9103 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9103 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9103_validation.pdf.gz | 495.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9103_full_validation.pdf.gz | 494.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9103_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9103_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9103 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9103 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The unsharpened map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: The sharpened map.
ファイル | emd_9103_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | The sharpened map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 20S supercomplex consisting of soluble neuronal SNARE complex, al...
全体 | 名称: 20S supercomplex consisting of soluble neuronal SNARE complex, alpha-SNAP, and N-ethylmaleimide sensitive factor (NSF) |
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要素 |
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-超分子 #1: 20S supercomplex consisting of soluble neuronal SNARE complex, al...
超分子 | 名称: 20S supercomplex consisting of soluble neuronal SNARE complex, alpha-SNAP, and N-ethylmaleimide sensitive factor (NSF) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 23.625 KDa |
-超分子 #2: N-ethylmaleimide sensitive factor
超分子 | 名称: N-ethylmaleimide sensitive factor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-超分子 #3: Synaptosomal-associated protein 25
超分子 | 名称: Synaptosomal-associated protein 25 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: Vesicle-fusing ATPase
分子 | 名称: Vesicle-fusing ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: vesicle-fusing ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
分子量 | 理論値: 85.509227 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGAHMAGRSM QAARCPTDEL SLSNCAVVSE KDYQSGQHVI VRTSPNHKYI FTLRTHPSVV PGSVAFSLP QRKWAGLSIG QEIEVALYSF DKAKQCIGTM TIEIDFLQKK NIDSNPYDTD KMAAEFIQQF NNQAFSVGQQ L VFSFNDKL ...文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGAHMAGRSM QAARCPTDEL SLSNCAVVSE KDYQSGQHVI VRTSPNHKYI FTLRTHPSVV PGSVAFSLP QRKWAGLSIG QEIEVALYSF DKAKQCIGTM TIEIDFLQKK NIDSNPYDTD KMAAEFIQQF NNQAFSVGQQ L VFSFNDKL FGLLVKDIEA MDPSILKGEP ASGKRQKIEV GLVVGNSQVA FEKAENSSLN LIGKAKTKEN RQSIINPDWN FE KMGIGGL DKEFSDIFRR AFASRVFPPE IVEQMGCKHV KGILLYGPPG CGKTLLARQI GKMLNAREPK VVNGPEILNK YVG ESEANI RKLFADAEEE QRRLGANSGL HIIIFDEIDA ICKQRGSMAG STGVHDTVVN QLLSKIDGVE QLNNILVIGM TNRP DLIDE ALLRPGRLEV KMEIGLPDEK GRLQILHIHT ARMRGHQLLS ADVDIKELAV ETKNFSGAEL EGLVRAAQST AMNRH IIAS TKVEVDMEKA ESLQVTRGDF LASLENDIKP AFGTNQEDYA SYIMNGIIKW GDPVTRVLDD GELLVQQTKN SDRTPL VSV LLEGPPHSGK TALAAKIAEE SNFPFIKICS PDKMIGFSET AKCQAMKKIF DDAYKSQLSC VVVDDIERLL DYVPIGP RF SNLVLQALLV LLKKAPPQGR KLLIIGTTSR KDVLQEMEML NAFSTTIHVP NIATGEQLLE ALELLGNFKD KERTTIAQ Q VKGKKVWIGI KKLLMLIEMS LQMDPEYRVR KFLALLREEG ASPLDFD UniProtKB: Vesicle-fusing ATPase |
-分子 #2: Synaptosomal-associated protein 25
分子 | 名称: Synaptosomal-associated protein 25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.512387 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MASMAEDADM RNELEEMQRR ADQLADESLE STRRMLQLVE ESKDAGIRTL VMLDEQGEQL DRVEEGMNHI NQDMKEAEKN LKDLGKCCG LFICPCNKLK SSDAYKKAWG NNQDGVVASQ PARVVDEREQ MAISGGFIRR VTNDARENEM DENLEQVSGI I GNLRHMAL ...文字列: MASMAEDADM RNELEEMQRR ADQLADESLE STRRMLQLVE ESKDAGIRTL VMLDEQGEQL DRVEEGMNHI NQDMKEAEKN LKDLGKCCG LFICPCNKLK SSDAYKKAWG NNQDGVVASQ PARVVDEREQ MAISGGFIRR VTNDARENEM DENLEQVSGI I GNLRHMAL DMGNEIDTQN RQIDRIMEKA DSNKTRIDEA NQRATKMLG UniProtKB: Synaptosomal-associated protein 25 |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 15 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: Blot for 3.5 seconds before plunging.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5418 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |