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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8976 | |||||||||
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タイトル | CARD9 CARD helical filament | |||||||||
マップデータ | Negative-stain electron microscopy reconstruction of helical filaments of the CARD9 CARD | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Holliday MJ / Estevez A / Rohou A / Dueber EC / Fairbrother WJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018 タイトル: Picomolar zinc binding modulates formation of Bcl10-nucleating assemblies of the caspase recruitment domain (CARD) of CARD9. 著者: Michael J Holliday / Ryan Ferrao / Gladys de Leon Boenig / Alberto Estevez / Elizabeth Helgason / Alexis Rohou / Erin C Dueber / Wayne J Fairbrother / 要旨: The caspase recruitment domain-containing protein 9 (CARD9)-B-cell lymphoma/leukemia 10 (Bcl10) signaling axis is activated in myeloid cells during the innate immune response to a variety of diverse ...The caspase recruitment domain-containing protein 9 (CARD9)-B-cell lymphoma/leukemia 10 (Bcl10) signaling axis is activated in myeloid cells during the innate immune response to a variety of diverse pathogens. This signaling pathway requires a critical caspase recruitment domain (CARD)-CARD interaction between CARD9 and Bcl10 that promotes downstream activation of factors, including NF-κB and the mitogen-activated protein kinase (MAPK) p38. Despite these insights, CARD9 remains structurally uncharacterized, and little mechanistic understanding of its regulation exists. We unexpectedly found here that the CARD in CARD9 binds to Zn with picomolar affinity-a concentration comparable with the levels of readily accessible Zn in the cytosol. NMR solution structures of the CARD9-CARD in the apo and Zn-bound states revealed that Zn has little effect on the ground-state structure of the CARD; yet the stability of the domain increased considerably upon Zn binding, with a concomitant reduction in conformational flexibility. Moreover, Zn binding inhibited polymerization of the CARD9-CARD into helical assemblies. Here, we also present a 20-Å resolution negative-stain EM (NS-EM) structure of these filamentous assemblies and show that they adopt a similar helical symmetry as reported previously for filaments of the Bcl10 CARD. Using both bulk assays and direct NS-EM visualization, we further show that the CARD9-CARD assemblies can directly template and thereby nucleate Bcl10 polymerization, a capacity considered critical to propagation of the CARD9-Bcl10 signaling cascade. Our findings indicate that CARD9 is a potential target of Zn-mediated signaling that affects Bcl10 polymerization in innate immune responses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8976.map.gz | 1.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8976-v30.xml emd-8976.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8976.png | 29.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8976 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8976 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8976.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative-stain electron microscopy reconstruction of helical filaments of the CARD9 CARD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.006 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Helical filament of the CARD9 CARD
全体 | 名称: Helical filament of the CARD9 CARD |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical filament of the CARD9 CARD
超分子 | 名称: Helical filament of the CARD9 CARD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Generated by stripping Zn from 0.2 mM 1:1 CARD:Zn with 0.25 mM EDTA, followed by shaking for 90 minutes at 25C |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) |
分子量 | 実験値: 22.4 kDa/nm |
-分子 #1: CARD9 CARD
分子 | 名称: CARD9 CARD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSDYENDDEC WSVLEGFRVT LTSVIDPSRI TPYLRQCKVL NPDDEEQVLS DPNLVIRKRK VGVLLDILQ RTGHKGYVAF LESLELYYPQ LYKKVTGK |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 2.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.0 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 73000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
Segment selection | 選択した数: 1086 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.2) ソフトウェア - 詳細: Segments were manually picked in e2helixboxer |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: SPRING ソフトウェア - 詳細: Using SPRING routine Micctfdetermine. |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: 100 A cylinder generated by SPRING. |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPRING ソフトウェア - 詳細: Using SPRING routine Segmentrefine3D. |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.0 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -102 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPRING ソフトウェア - 詳細: Using SPRING routine Segmentrefine3D. 詳細: Approximate resolution estimated by comparison to other NS helical reconstructions 使用した粒子像数: 11226 |
-原子モデル構築 1
詳細 | No fitting was performed. |
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