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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8938 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / RCAF complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / polytene chromosome band / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / larval somatic muscle development ...Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / RCAF complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / polytene chromosome band / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Ub-specific processing proteases / larval somatic muscle development / 多糸染色体 / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 染色体 / chromatin organization / nucleic acid binding / protein heterodimerization activity / クロマチン / protein-containing complex binding / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Yadav KNS / Zhou B-R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Atomic resolution cryo-EM structure of a native-like CENP-A nucleosome aided by an antibody fragment. 著者: Bing-Rui Zhou / K N Sathish Yadav / Mario Borgnia / Jingjun Hong / Baohua Cao / Ada L Olins / Donald E Olins / Yawen Bai / Ping Zhang / 要旨: Genomic DNA in eukaryotes is organized into chromatin through association with core histones to form nucleosomes, each distinguished by their DNA sequences and histone variants. Here, we used a ...Genomic DNA in eukaryotes is organized into chromatin through association with core histones to form nucleosomes, each distinguished by their DNA sequences and histone variants. Here, we used a single-chain antibody fragment (scFv) derived from the anti-nucleosome antibody mAb PL2-6 to stabilize human CENP-A nucleosome containing a native α-satellite DNA and solved its structure by the cryo-electron microscopy (cryo-EM) to 2.6 Å resolution. In comparison, the corresponding cryo-EM structure of the free CENP-A nucleosome could only reach 3.4 Å resolution. We find that scFv binds to a conserved acidic patch on the histone H2A-H2B dimer without perturbing the nucleosome structure. Our results provide an atomic resolution cryo-EM structure of a nucleosome and insight into the structure and function of the CENP-A nucleosome. The scFv approach is applicable to the structural determination of other native-like nucleosomes with distinct DNA sequences. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8938.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8938-v30.xml emd-8938.xml | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8938_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8938.png | 184.8 KB | ||
マスクデータ | emd_8938_msk_1.map | 40.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_8938_half_map_1.map.gz emd_8938_half_map_2.map.gz | 31.3 MB 31.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8938 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8938 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8938.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9926 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_8938_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_8938_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_8938_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Nucleosome-Antibody complex
全体 | 名称: Nucleosome-Antibody complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Nucleosome-Antibody complex
超分子 | 名称: Nucleosome-Antibody complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Histone H3
分子 | 名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 15.421101 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 11.521611 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MITGRGKGGK GLGKGGAKRH RKVLRDNIQG ITKPAIRRLA RRGGVKRISG LIYEETRGVL KVFLENVIRD AVTYTEHAKR KTVTAMDVV YALKRQGRTL YGFGG |
-分子 #3: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 13.388727 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSGRGKGGKV KGKAKSRSNR AGLQFPVGRI HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVMEYLAA EVLELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLSG VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TEKKA |
-分子 #4: Histone H2B
分子 | 名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 13.840224 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIPPKTSGKA AKKAGKAQKN ITKTDKKKKR KRKESYAIYI YKVLKQVHPD TGISSKAMSI MNSFVNDIFE RIAAEASRLA HYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVTK YTSSK |
-分子 #7: scFv
分子 | 名称: scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 29.030146 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ...文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ASLGERVTIT CKASQDIRSY LSWYQQKPWK SPKTLIYYAT SLADGVPSRF SGSGSGQDFS LTINNLESDD TA TYYCLQH GESPYTFGSG TKLEIKRA |
-分子 #5: DNA (147-MER)
分子 | 名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 45.610043 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DG)(DA)(DT) |
-分子 #6: DNA (147-MER)
分子 | 名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 45.13877 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |