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Yorodumi- PDB-6vr4: Virion-packaged DNA-dependent RNA polymerase of crAss-like phage ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vr4 | ||||||
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Title | Virion-packaged DNA-dependent RNA polymerase of crAss-like phage phi14:2 | ||||||
Components | DNA-dependent RNA polymerase | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / TRANSFERASE / TRANSCRIPTION / DNA-dependent RNA polymerase / RNAP / RNApol | ||||||
Function / homology | Structural protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Cellulophaga phage phi14:2 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.5 Å | ||||||
Authors | Leiman, P.G. / Sokolova, M.L. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2020 Title: Structure and function of virion RNA polymerase of a crAss-like phage. Authors: Drobysheva, A.V. / Panafidina, S.A. / Kolesnik, M.V. / Klimuk, E.I. / Minakhin, L. / Yakunina, M.V. / Borukhov, S. / Nilsson, E. / Holmfeldt, K. / Yutin, N. / Makarova, K.S. / Koonin, E.V. / ...Authors: Drobysheva, A.V. / Panafidina, S.A. / Kolesnik, M.V. / Klimuk, E.I. / Minakhin, L. / Yakunina, M.V. / Borukhov, S. / Nilsson, E. / Holmfeldt, K. / Yutin, N. / Makarova, K.S. / Koonin, E.V. / Severinov, K.V. / Leiman, P.G. / Sokolova, M.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vr4.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vr4.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vr4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vr4_validation.pdf.gz | 463.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vr4_full_validation.pdf.gz | 517.8 KB | Display | |
Data in XML | 6vr4_validation.xml.gz | 141.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6vr4_validation.cif.gz | 190.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vr4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 251177.422 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cellulophaga phage phi14:2 (virus) / Gene: Phi14:2_gp077 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: S0A2C3 #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-NA / Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.65 Å3/Da / Density % sol: 66.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM sodium acetate, 11% PEG4000, 2 mM TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jun 1, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.5→31.93 Å / Num. obs: 177687 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7.887 % / Biso Wilson estimate: 72.599 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 1401490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.5→31.93 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / Phase error: 24.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 464.25 Å2 / Biso mean: 93.0518 Å2 / Biso min: 39.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.5→31.93 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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