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万見
- EMDB-8636: multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8636
タイトルmulti-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance
マップデータMutant cryoEM density map.
試料
  • 複合体: AcrABTolC in apo state
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein TolC
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrA
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrB
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport / porin activity ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport / porin activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion channel activity / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type I secretion outer membrane protein, TolC / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein ...Type I secretion outer membrane protein, TolC / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein TolC / Multidrug efflux pump subunit AcrA / Multidrug efflux pump subunit AcrA / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者wang Z / fan G / Hryc CF / Blaza JN / Serysheva II / Schmid MF / Chiu W / Luisi BF / Du D
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: An allosteric transport mechanism for the AcrAB-TolC multidrug efflux pump.
著者: Zhao Wang / Guizhen Fan / Corey F Hryc / James N Blaza / Irina I Serysheva / Michael F Schmid / Wah Chiu / Ben F Luisi / Dijun Du /
要旨: Bacterial efflux pumps confer multidrug resistance by transporting diverse antibiotics from the cell. In Gram-negative bacteria, some of these pumps form multi-protein assemblies that span the cell ...Bacterial efflux pumps confer multidrug resistance by transporting diverse antibiotics from the cell. In Gram-negative bacteria, some of these pumps form multi-protein assemblies that span the cell envelope. Here, we report the near-atomic resolution cryoEM structures of the AcrAB-TolC multidrug efflux pump in resting and drug transport states, revealing a quaternary structural switch that allosterically couples and synchronizes initial ligand binding with channel opening. Within the transport-activated state, the channel remains open even though the pump cycles through three distinct conformations. Collectively, our data provide a dynamic mechanism for the assembly and operation of the AcrAB-TolC pump.
履歴
登録2017年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月19日-
マップ公開2017年4月19日-
更新2019年10月23日-
現状2019年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5v5s
  • 表面レベル: 0.0266
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8636.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mutant cryoEM density map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0266 / ムービー #1: 0.0266
最小 - 最大-0.030838259 - 0.09197038
平均 (標準偏差)0.00056815404 (±0.0040272484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 402.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z402.800402.800402.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.0310.0920.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AcrABTolC in apo state

全体名称: AcrABTolC in apo state
要素
  • 複合体: AcrABTolC in apo state
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein TolC
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrA
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrB

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超分子 #1: AcrABTolC in apo state

超分子名称: AcrABTolC in apo state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Outer membrane protein TolC

分子名称: Outer membrane protein TolC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 48.673801 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ENL(MSE)QVYQQA RLSNPELRKS AADRDAAFEK INEARSPLLP QLGLGADYTY SNGYRDANGI NSNATSASLQ LTQSIF D(MSE)S KWRALTLQEK AAGIQDVTYQ TDQQTLILNT ATAYFNVLNA IDVLSYTQAQ KEAIYRQLDQ TTQRFNVGLV AIT DVQNAR ...文字列:
ENL(MSE)QVYQQA RLSNPELRKS AADRDAAFEK INEARSPLLP QLGLGADYTY SNGYRDANGI NSNATSASLQ LTQSIF D(MSE)S KWRALTLQEK AAGIQDVTYQ TDQQTLILNT ATAYFNVLNA IDVLSYTQAQ KEAIYRQLDQ TTQRFNVGLV AIT DVQNAR AQYDTVLANE VTARNNLDNA VEQLRQITGN YYPELAALNV ENFKTDKPQP VNALLKEAEK RNLSLLQARL SQDL AREQI RQAQDGHLPT LDLTASTGIS DTSYSGSKTR GAAGTQYDDS N(MSE)GQNKVGLS FSLPIYQGG(MSE) VNSQVKQ AQ YNFVGASEQL ESAHRSVVQT VRSSFNNINA SISSINAYKQ AVVSAQSSLD A(MSE)EAGYSVGT RTIVDVLDAT TTLY NAKQE LANARYNYLI NQLNIKSALG TLNEQDLLAL NNALSKPVST NPENVAPQTP EQNAIAD

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分子 #2: Multidrug efflux pump subunit AcrA

分子名称: Multidrug efflux pump subunit AcrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 42.253551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNKNRGFTPL AVVLMLSGSL ALTGCDDKQA QQGGQQMPAV GVVTVKTEPL QITTELPGRT SAYRIAEVRP QVSGIILKRN FKEGSDIEA GVSLYQIDPA TYQATYDSAK GDLAKAQAAA NIAQLTVNRY QKLLGTQYIS KQEYDQALAD AQQANAAVTA A KAAVETAR ...文字列:
MNKNRGFTPL AVVLMLSGSL ALTGCDDKQA QQGGQQMPAV GVVTVKTEPL QITTELPGRT SAYRIAEVRP QVSGIILKRN FKEGSDIEA GVSLYQIDPA TYQATYDSAK GDLAKAQAAA NIAQLTVNRY QKLLGTQYIS KQEYDQALAD AQQANAAVTA A KAAVETAR INLAYTKVTS PISGRIGKSN VTEGALVQNG QATALATVQQ LDPIYVDVTQ SSNDFLRLKQ ELANGTLKQE NG KAKVSLI TSDGIKFPQD GTLEFSDVTV DQTTGCITLR AIFPNPDHTL LPGMFVRARL EEGLNPNAIL VPQQGVTRTP RGD ATVLVV GADDKVETRP IVASQAIGDK WLVTEGLKAG DRVVISGLQK VRPGVQVKAQ EVTADNNQQA ASGAQPEQSK S

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分子 #3: Multidrug efflux pump subunit AcrB

分子名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 113.681242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNMN GIDNLMYMSS NSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP QEVQQQGVSV EKSSSSFLMV VGVINTDGTM TQEDISDYVA A NMKDAISR ...文字列:
MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNMN GIDNLMYMSS NSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP QEVQQQGVSV EKSSSSFLMV VGVINTDGTM TQEDISDYVA A NMKDAISR TSGVGDVQLF GSQYAMRIWM NPNELNKFQL TPVDVITAIK AQNAQVAAGQ LGGTPPVKGQ QLNASIIAQT RL TSTEEFG KILLKVNQDG CRVLLRDVAK IELGGENYDI IAEFNGQPAS GLGIKLATGA NALDTAAAIR AELAKMEPFF PSG LKIVYP YDTTPFVKIS IHEVVKTLVE AIILVFLVMY LFLQNFRATL IPTIAVPVVL LGTFAVLAAF GFSINTLTMF GMVL AIGLL VDDAIVVVEN VERVMAEEGL PPKEATRKSM GQIQGALVGI AMVLSAVFVP MAFFGGSTGA IYRQFSITIV SAMAL SVLV ALILTPALCA TMLKPIAKGD HGEGKKGFFG WFNRMFEKST HHYTDSVGGI LRSTGRYLVL YLIIVVGMAY LFVRLP SSF LPDEDQGVFM TMVQLPAGAT QERTQKVLNE VTHYYLTKEK NNVESVFAVN GFGFAGRGQN TGIAFVSLKD WADRPGE EN KVEAITMRAT RAFSQIKDAM VFAFNLPAIV ELGTATGFDF ELIDQAGLGH EKLTQARNQL LAEAAKHPDM LTSVRPNG L EDTPQFKIDI DQEKAQALGV SINDINTTLG AAWGGSYVND FIDRGRVKKV YVMSEAKYRM LPDDIGDWYV RAADGQMVP FSAFSSSRWE YGSPRLERYN GLPSMEILGQ AAPGKSTGEA MELMEQLASK LPTGVGYDWT GMSYQERLSG NQAPSLYAIS LIVVFLCLA ALYESWSIPF SVMLVVPLGV IGALLAATFR GLTNDVYFQV GLLTTIGLSA KNAILIVEFA KDLMDKEGKG L IEATLDAV RMRLRPILMT SLAFILGVMP LVISTGAGSG AQNAVGTGVM GGMVTATVLA IFFVPVFFVV VRRRFSRKNE DI EHSHTVD HH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: a 3ul aliquot at a concentration of 2 mg per ml was applied onto glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil Au R1.21.3, 300 mesh).
詳細AcrABTolC complex in apo state

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 95410 / 詳細: auto box by relion
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: generate from scratch by EMAN2
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2)
詳細: e2initialmodel.py generate from reference free 2d averages
最終 3次元分類クラス数: 1
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13544
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Crystal structures were rigid-body fit into the density map and model optimization was then carried out with Phenix real-space refine. Due to the weaker resolution, stronger stereochemical and secondary structure restraints were used to ensure that alpha-helices and beta-sheets did not deviate far from their expected geometry. Manual adjustments were kept to a minimum to reduce human bias in the modeling procedure, with Coot only being used to fix obvious errors such as C-beta deviations. A final check of MolProbity and cross correlation was done to ensure model quality.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5v5s:
multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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