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- EMDB-8633: CryoEM Structure of a Prokaryotic Cyclic Nucleotide-Gated Ion Channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8633
タイトルCryoEM Structure of a Prokaryotic Cyclic Nucleotide-Gated Ion Channel
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: LliK
    • タンパク質・ペプチド: LliK
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transporter, cation channel family / cyclic nucleotide-binding domain multi-domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira licerasiae serovar Varillal str. VAR 010 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者James ZM / Borst AJ / Haitin Y / Frenz B / DiMaio F / Zagotta WN / Veesler D
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: CryoEM structure of a prokaryotic cyclic nucleotide-gated ion channel.
著者: Zachary M James / Andrew J Borst / Yoni Haitin / Brandon Frenz / Frank DiMaio / William N Zagotta / David Veesler /
要旨: Cyclic nucleotide-gated (CNG) and hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-regulated (HCN) ion channels play crucial physiological roles in phototransduction, olfaction, and cardiac pace making. ...Cyclic nucleotide-gated (CNG) and hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-regulated (HCN) ion channels play crucial physiological roles in phototransduction, olfaction, and cardiac pace making. These channels are characterized by the presence of a carboxyl-terminal cyclic nucleotide-binding domain (CNBD) that connects to the channel pore via a C-linker domain. Although cyclic nucleotide binding has been shown to promote CNG and HCN channel opening, the precise mechanism underlying gating remains poorly understood. Here we used cryoEM to determine the structure of the intact LliK CNG channel isolated from -which shares sequence similarity to eukaryotic CNG and HCN channels-in the presence of a saturating concentration of cAMP. A short S4-S5 linker connects nearby voltage-sensing and pore domains to produce a non-domain-swapped transmembrane architecture, which appears to be a hallmark of this channel family. We also observe major conformational changes of the LliK C-linkers and CNBDs relative to the crystal structures of isolated C-linker/CNBD fragments and the cryoEM structures of related CNG, HCN, and KCNH channels. The conformation of our LliK structure may represent a functional state of this channel family not captured in previous studies.
履歴
登録2017年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年3月22日-
マップ公開2017年4月12日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5v4s
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8633.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8633.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3655 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.024 / ムービー #1: 0.024
最小 - 最大-0.023005761 - 0.061287668
平均 (標準偏差)0.0003627006 (±0.0031903565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ232232232
Spacing232232232
セルA=B=C: 316.796 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.36551.36551.3655
M x/y/z232232232
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.796316.796316.796
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS232232232
D min/max/mean-0.0230.0610.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : LliK

全体名称: LliK
要素
  • 複合体: LliK
    • タンパク質・ペプチド: LliK

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超分子 #1: LliK

超分子名称: LliK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Leptospira licerasiae serovar Varillal str. VAR 010 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: LliK

分子名称: LliK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leptospira licerasiae serovar Varillal str. VAR 010 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKHHHHHHHH PMSDVDIPTT ENLYFQGSGS MGITLKNRIR VYWDILVFIC IFWASLESPL RIVINYDPNL LLTCIYFFID FVFALDIL W NCFTPEYKDG KWILTRSQVI KDYLGSWFII DLIAALPLEY ATTTIFGLQQ SQYPYLYLLL GVTRILKVFR ISDILQRINL ...文字列:
MKHHHHHHHH PMSDVDIPTT ENLYFQGSGS MGITLKNRIR VYWDILVFIC IFWASLESPL RIVINYDPNL LLTCIYFFID FVFALDIL W NCFTPEYKDG KWILTRSQVI KDYLGSWFII DLIAALPLEY ATTTIFGLQQ SQYPYLYLLL GVTRILKVFR ISDILQRINL AFQPTPGI L RLVLFAFWAT LVAHWCAVGW LYVDDLLDYQ TGWSEYIIAL YWTVATIATV GYGDITPSTD SQRIYTIFVM ILGAGVYATV IGNIASIL G SLDLAKAAQR KKMAQVDSFL KARNISQNIR RRVRDYYMYI IDRGWGEDEN ALLNDLPISL RREVKIQLHR DLLEKVPFLK GADPALVT S LVFSMKPMIF LEGDTIFRRG EKGDDLYILS EGSVDILDSD EKTILLSLQE GQFFGELALV MDAPRSATVR ATTTCEIYTL SKTDFDNVLK RFSQFRSAIE ESVAHLKKR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMPotassium ChlorideKCl
0.05 mMLMNG
0.005 mMCholesterol Hemi-Succinate
0.02 mMcAMP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 379000
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: e2initialmodel.py
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 18737

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5v4s:
CryoEM Structure of a Prokaryotic Cyclic Nucleotide-Gated Ion Channel

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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